關(guān)于 ChIPseeker 注釋轉(zhuǎn)錄因子 Peak 的一點(diǎn)思考

個(gè)人觀點(diǎn):將 ignoreDownstreamignoreUpstream 的結(jié)果取并集更好的能代表 TF 結(jié)合的靶基因啟動(dòng)子區(qū)?最疆?希望明天服務(wù)器早點(diǎn)恢復(fù)炕倘,看另外一個(gè)結(jié)果怎么樣斋陪。

upstream = 1000, downstream = 200

peak2Gene_GO_igD(peak, ignoreDownstream = TRUE, GO = FALSE, Promoter = TRUE)
peak2Gene_GO_igU(peak, ignoreUpstream  = TRUE, GO = FALSE, Promoter = TRUE)

# 合并兩個(gè)結(jié)果
Promoter_Gene_y <- read.csv("Promoter_u1000_d200_igD.csv")
Promoter_Gene_x <- read.csv("Promoter_u1000_d200_igU.csv")

end_binding_Promoter <- rbind(Promoter_Gene_y[, c(1:4, 10)], 
                              Promoter_Gene_x[, c(1:4, 10)]
                              ) %>%
  distinct(geneId, .keep_all = TRUE)

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