周六考試（二）

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Genome Size Estimation
Kmer分析
考題

  1. 軟件下載地址：
    a. vcftools 
      wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/vcftools/vcftools_0.1.13.tar.gz
    使用：
    1. pele' blog
    2. vcftools使用
    b. SOAPdenovo2
    https://jaist.dl.sourceforge.net/project/soapdenovo2/SOAPdenovo2/src/r240/SOAPdenovo2-src-r240.tgz
    注意在以下文件加入文本：
仔細(xì)查看編譯輸出，發(fā)現(xiàn)有如下幾個(gè)錯(cuò)誤提示：

multi_threads.cpp:93:14: error: ‘usleep’ was not declared in this scope

build_preArc.cpp:1071:39: error: ‘usleep’ was not declared in this scope

pregraph_sparse.cpp:171:42: error: ‘usleep’ was not declared in this scope

pregraph_sparse.cpp:504:2: error: ‘optind’ was not declared in this scope

pregraph_sparse.cpp:507:64: error: ‘getopt’ was not declared in this scope

于是找到這些源碼，在頭文件中加入：

#include “unistd.h“

c. jellyfish
https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases

Installation

./configure --prefix=$HOME
make -j 4
make install

d. SOAPec v2.01
里面有Kmer_Freq_AR

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