我們知道在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的下游，在我們走過(guò)了fig1（通常是個(gè)圖譜）之后法瑟，往往要沿著基因這條路深挖一下生物學(xué)意義冀膝。從bulk轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中提取功能和機(jī)制的洞察力的功能分析工具已經(jīng)被開(kāi)發(fā)出來(lái)。隨著單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)的出現(xiàn)霎挟，原則上可以對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行同樣的分析窝剖。然而，scRNA-seq數(shù)據(jù)具有drop-out事件和低庫(kù)大小等特征酥夭。因此赐纱，尚不清楚為bulk 測(cè)序建立的功能性TF和通路分析工具能否有意義地應(yīng)用于scRNA-seq脊奋。
bulk RNA TF 分析工具有DoRothEA, PROGENy, and GO gene sets analyzed with GSEA (GO-GSEA)。專為單細(xì)胞應(yīng)用而設(shè)計(jì)的功能分析工具有SCENIC, AUCell結(jié)合DoRothEA (D-AUCell)和子代(P-AUCell)基因集疙描，以及metaVIPER诚隙。
DoRothEA 和PROGENy 雖然是為bulk 設(shè)計(jì)的，但是總體表現(xiàn)很好起胰。文章分析表明久又，使用手動(dòng)的足跡基因集的基于bulk的功能分析工具可以應(yīng)用于scRNA-seq數(shù)據(jù)，部分優(yōu)于專用的單細(xì)胞工具效五。此外地消，我們發(fā)現(xiàn)功能分析工具的性能對(duì)基因集比對(duì)所使用的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)更敏感。所以能碼得一個(gè)好的基因集是多么重要畏妖。
文章代碼在：https://github.com/saezlab/FootprintMethods_on_scRNAseq
