kegg orthology 數(shù)據(jù)庫是 kegg 的核心箱季，利用基因在不同物種之間的保守性玄柏，使得我們可以在更高層次上解讀基因功能兼呵。 pathway, brite, module 等數(shù)據(jù)庫都是建立在KO 數(shù)據(jù)庫的基礎(chǔ)之上的，所以任何基因組的數(shù)據(jù)都可以映射到這些數(shù)據(jù)庫中去驮瞧。當(dāng)然這種方法有其局限性氓扛，在一定程度上忽略了特定物種內(nèi)基因的變異信息。
network 數(shù)據(jù)庫針對human 剧董，除了提供了基因的功能和相互作用以外幢尚，還把基因的變異信息包含進(jìn)來，更進(jìn)一步與疾病相關(guān)聯(lián)翅楼。
上面是kegg 官網(wǎng)提供的示意圖尉剩，KO 建立在不同物種的gene具有同源性的基礎(chǔ)上，而pathway 利用KO注釋信息毅臊，提供了跨物種的通路信息理茎，而network 數(shù)據(jù)庫從pathway數(shù)據(jù)庫延伸而來，在pathway 的基礎(chǔ)上，將基因的變異信息（包括SNP, 基因融合等結(jié)構(gòu)變異現(xiàn)象和基因表達(dá)量的變化現(xiàn)象）也包括了進(jìn)來皂林，對于人類基因相關(guān)變異與疾病的研究朗鸠，提供了更為細(xì)致的參考信息。
network 數(shù)據(jù)庫中的每條記錄叫做network element, 以N Number 唯一標(biāo)識础倍， 里面記錄的是基因之間的相互作用的網(wǎng)絡(luò)烛占，由于network 來源于pathway 數(shù)據(jù)庫沟启，所以每條記錄都會有對應(yīng)的pathway信息，在這些通路圖中芽卿，會將基因進(jìn)行特殊標(biāo)記胳搞，比如下圖為 N0002對應(yīng)的 hsa05220 通路
在上圖中筷转，粉色標(biāo)記的方框為network 中記錄的基因旦装，而粉色方框中用紅色顯示的則是發(fā)生變異的基因摊滔；
對于N0002 這條記錄來說
Defiinition 字段記錄了基因間相互作用信息艰躺，其中的ABL基因發(fā)生了變異腺兴，產(chǎn)生了BCR-ABL 融合基因页响，導(dǎo)致出現(xiàn)了疾病段誊。結(jié)合上面的通路圖來一起理解连舍，可以看到BCR-ABL 在通路圖中是粉色方框，紅色字體的標(biāo)記方式贴彼，其他有記錄的基因則是只有粉色方框的標(biāo)記埃儿；
在network 中童番，將所有的記錄分成3大類
reference, 這些network只是從pathway中提取出了基因的相互作用信息妓盲；
variant,在原本的基因相互作用的基礎(chǔ)上悯衬，包含了基因的變異信息筋粗；
virus,在原本的基因相互作用的基礎(chǔ)上娜亿，包含看病毒的入侵基因?qū)е碌南嗷プ饔玫淖兓?/p>
在下面的鏈接中买决，可以看到
http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_network?id=nt06201&cancer=1
image
第一列為對應(yīng)的network 數(shù)據(jù)庫中的記錄督赤；第二列各種顏色的小方塊代表該network相關(guān)的疾病丑婿，不同疾病用不同的顏色標(biāo)識羹奉；其他列為該network中記錄的基因間相互作用诀拭，其中綠色代表的就是reference, 紅色代表的是variant, 粉色代表的是virus病蛉。
我們可以看到reference network都沒有相關(guān)的疾病信息瑰煎，只有variant和virus 可以看到相關(guān)的疾病信息酒甸。
紅色的鏈接可以關(guān)聯(lián)到variant的詳細(xì)信息插勤，比如EGF* 代表的具體變異信息為1950v1, 代表了EGF基因的過表達(dá)农尖；粉色的鏈接關(guān)聯(lián)到KO數(shù)據(jù)庫盛卡，提供了該基因功能的具體信息滑沧，比如vK1 是一種病毒的基因巍实；
總結(jié)
network數(shù)據(jù)庫專門針對human而言棚潦，從pathway數(shù)據(jù)庫中提取出基因間相互作用丸边，構(gòu)建了相互作用的網(wǎng)絡(luò)原环；
network數(shù)據(jù)庫還將基因的變異，外源基因入侵和疾病信息相關(guān)聯(lián)，在整個數(shù)據(jù)庫中谒麦，可分成三個大類：
reference network, 直接從pathway中提取的基因的相互作用;variant network, 包含了基因的變異信息绕德，包括結(jié)構(gòu)變異和表達(dá)量變異;virus network, 包含了入侵機體的病毒基因信息踪蹬。對于variant和virus network, 還會給出相關(guān)的疾病信息臣咖；network 還有相關(guān)的pathway通路圖疚漆，在通路圖中娶聘，將由記錄的基因丸升，用粉色方框高亮顯示狡耻；
