貼一個(gè)下載網(wǎng)址，解壓縮后可以直接運(yùn)行
http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi
基于單個(gè)樣本的基因預(yù)測(cè)
gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modsample1.cut500.scafSeq -A sample1_protein.fasta -D sample1_nucleotide.fasta
gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modsample2.cut500.scafSeq -A sample2_protein.fasta -D sample2_nucleotide.fasta
gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modsample3.cut500.scafSeq -A sample3_protein.fasta -D sample3_nucleotide.fasta
基于混合組裝的基因預(yù)測(cè)
gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modmix.cut500.scafSeq -A mix_protein.fasta -D mix_nucleotide.fasta
參數(shù)說(shuō)明：
-a 顯示預(yù)測(cè)得到的基因的蛋白序列
-A 蛋白序列輸出文件
-d 顯示預(yù)測(cè)得到的基因的核酸序列
-D 核酸序列輸出文件
-f顯示輸出格式筛圆，L=LST裂明，G=GFF
-m 用于基因預(yù)測(cè)的模型文件，MetaGeneMark提供的MetaGeneMark_v1.mod適用于宏基因組預(yù)測(cè)
prokka?rapid prokaryotic genome annotation太援，快速的原核基因組注釋
注釋模式:古生菌闽晦、細(xì)菌、線粒體或病毒提岔，默認(rèn)細(xì)菌
prodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm)用于原核微生物基因組和宏基因組的基因預(yù)測(cè),?是Oak Ridge National Laboratory和University of Tennessee-Knoxville?在2007年聯(lián)合開(kāi)發(fā)的
https://github.com/hyattpd/Prodigal
?-m -p meta
真核生物基因預(yù)測(cè)
https://www.cnblogs.com/lyon2014/p/4065144.html
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_gene_prediction_software
