上傳測(cè)序數(shù)據(jù)到SRA數(shù)據(jù)庫(kù)青扔。
參考鏈接1
aspera的使用
1.注冊(cè)NCBI賬戶
2.https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/選擇SRA.
3.新建提交源织。需要經(jīng)過多個(gè)表格填寫。（如果出現(xiàn)Waring,那就暫時(shí)不要管微猖，等半天再進(jìn)入該頁(yè)面谈息，繼續(xù)提交。一定要按照要求填寫）
4.選擇aspera上傳方式凛剥。
安裝使用aspera
下載文件侠仇，解壓，得到aspera.sh文件犁珠。
bash aspera.sh
##添加環(huán)境變量
vim ~/.bash_profile
export PATH=/home/chaim/.aspera/cli/bin:$PATH
export MANPATH=/home/chaim/.aspera/cli/share/man:$MANPATH
##根據(jù)自己的實(shí)際情況添加配置文件的路徑
##重啟終端
ascp -h #測(cè)試即可使用
從NCBI的SRA的第7步頁(yè)面傅瞻，獲取你自己的aspera的公鑰。文件名是aspera.openssh,下面-i參數(shù)后跟的是該公鑰的絕對(duì)路徑盲憎。
-d命令后跟的是你要上傳的文件的絕對(duì)路徑。
注意在命令最后添加上新的文件路徑
我添加的是/sra_data,不跟路徑會(huì)直接上傳到根目錄胳挎，根目錄無(wú)法編輯饼疙。一定要在后面跟上自己命名的路徑。
上傳到NCBI的SRA的代碼屏积。
ascp -i <path to openssh/aspera.openssh> -QT -l 100m -k 1 -d <path to your sequence /*.fq> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/chaim$$$%#^$^%^a3/sra_data
我的服務(wù)器是經(jīng)常掉線的，需要一致保持聯(lián)網(wǎng)狀態(tài)渣聚。
nohup ping www.hao123.com &
添加一個(gè)ping，保持網(wǎng)絡(luò)連接。
5.返回NCBI的提交頁(yè)面選擇你的目錄的文件夾谭梗，選中本次上傳的數(shù)據(jù)。上傳完成后需要等待一段時(shí)間（約10min）缩幸，才可以看到上傳的文件夾盖喷。 之后選中距辆，按照要求提交即可。
之后會(huì)收到發(fā)送給你的郵件诸蚕，提醒你已經(jīng)成功提交。等待審核倔矾。審核結(jié)束后奕纫，便可以正式發(fā)布數(shù)據(jù)隙笆。會(huì)根據(jù)你填寫的數(shù)據(jù)公布日期，正式面向公眾公布數(shù)據(jù)。
