本文首發(fā)于微信公眾號(hào)：生物信息學(xué)習(xí)
昨天本科的一個(gè)師姐問(wèn)我關(guān)于瀑布圖的畫(huà)法，想要畫(huà)個(gè)瀑布圖每篷，問(wèn)我有沒(méi)有有什么工具可以畫(huà)的瓣戚，目標(biāo)圖如下：
image.png
于是給師姐介紹了maftools這個(gè)R包，這個(gè)R包功能非常強(qiáng)大焦读，可以做各種各樣的圖子库，今天就拿瀑布圖為例，一行代碼就可以畫(huà)出瀑布圖矗晃。
library(maftools)
laml.maf <- system.file("extdata", "tcga_laml.maf.gz", package = "maftools") laml <- read.maf(maf = laml.maf)
maftools包自帶測(cè)試數(shù)據(jù)LAML的MAF文件
image.png
做cancer的應(yīng)該知道每個(gè)表示什么意思仑嗅。
missense_mutation:錯(cuò)義突變 frame_shift_del：移碼缺失突變 nonsense_mutation：無(wú)義突變 frame_shift_ins：移碼插入突變 splice_site：剪接位點(diǎn) in_frame_ins：inframe插入 in_frame_del：inframe缺失 translation_start_site:轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn) nonstop_mutation：終止密碼子突變
對(duì)數(shù)據(jù)做summay的各種圖形，通過(guò)一行代碼即可畫(huà)出。
plotmafSummary(maf=laml)
最終圖形展示：
image.png
當(dāng)然可以通過(guò)參數(shù)來(lái)對(duì)圖形做設(shè)置修改仓技。
而瀑布圖的做法更簡(jiǎn)單了鸵贬，也是一行代碼：
oncoplot(maf = laml)
最終圖形展示：
image.png
如何畫(huà)出某個(gè)pathway上oncogene的突變頻率呢？也是一行代碼解決浑彰。
PlotOncogenicPathways(maf = laml,pathways="RTK-RAS")
image.png
maftools還有更多的功能用法恭理，歡迎大家投稿分享」洌或者大家有在線版做瀑布圖的網(wǎng)站颜价，歡迎分享。
