之前介紹了如何安裝sratoolkit, 可以看我之前寫的簡書http://www.reibang.com/p/188df05615c7,而今天說到的fastq-dump是sratoolkit中的一個功能塑荒，fastq-dump可以幫助我們解壓從NCBI中下載的SRA文件荞膘。
用法
正確安裝sratoolkit后在輸入fastq-dump -h就可以查看功能了
[zench@ibmnode1 ~]$ fastq-dump -h
Usage:
fastq-dump [options] <path> [<path>...]
fastq-dump [options] <accession>
實(shí)例
- 單端測序 (SE)
fastq-dump SRR1234567.sra #出現(xiàn)SRR1234567.fastq
fastq-dump --gzip SRR1234567.sra #出現(xiàn)SRR1234567.fastq.gz,推薦使用屯断，減少占內(nèi)存
- 雙端測序 (PE)
fastq-dump --split-files SRR1234567.sra #出現(xiàn)SRR1234567_1.fastq; SRR1234567_2.fastq
fastq-dump --split-files --gzip SRR1234567.sra #出現(xiàn)SRR1234567_1.fastq.gz; SRR1234567_2.fastq.gz, 推薦使用
批量解壓文件
for i in *sra; do fastq-dump --gzip --split-files $i; done
