三十六策 第 9 策 因材施教
套路來源于文獻(xiàn)碎乃,又高于文獻(xiàn)犁河,是文獻(xiàn)中普遍存在的論證規(guī)律鳖枕。
三個(gè)階段:
第一階段,看山不是山桨螺,看水不是水
第二階段宾符,看山是山,看水是水
第三階段彭谁,看山不過是山,看水不止是水
一項(xiàng)完整的蛋白功能研究它的標(biāo)準(zhǔn):
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檢測(cè)分子的基礎(chǔ)表達(dá)
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分子為變量的研究中第一個(gè) Figure 往往是檢測(cè)目標(biāo)分子的表達(dá)水平允扇。
把病理組織和對(duì)照組進(jìn)行比較缠局,搞清楚疾病過程中這個(gè)分子在組織中的表達(dá)是否明顯改變了,這種改變還可以結(jié)合其他病理特征進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析
檢測(cè)細(xì)胞模型的表達(dá)變化或者動(dòng)物模型的特定組織中的表達(dá)改變考润。
qPCR 狭园、 WB、組織還要做免疫組化
過表達(dá)了獲得表型糊治,沉默了失去表型
檢索基因序列的數(shù)據(jù)庫(kù): Gene唱矛、Nucleotide 和 Protein
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制作過表達(dá)或者沉默的載體工具
腺病毒:用于基因過表達(dá)實(shí)驗(yàn)的載體,做 RNA 干擾的時(shí)候免疫源性比較強(qiáng)井辜,不推薦
慢病毒:適合于做 RNAi 實(shí)驗(yàn)绎谦、CRISPR 實(shí)驗(yàn)
shRNA:發(fā)卡狀的 shRNA 正是 siRNA 的前體,在細(xì)胞里面會(huì)被自動(dòng)切割加工為 siRNA粥脚,質(zhì)粒和病毒載體上都會(huì)用shRNA的結(jié)構(gòu)
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把質(zhì)燎猿Γ或者病毒導(dǎo)入到細(xì)胞內(nèi),抽提細(xì)胞的 mRNA 和蛋白刷允,檢測(cè)它的表達(dá)情況在組織和細(xì)胞里檢測(cè)表達(dá)差異一樣冤留,還需要設(shè)置一個(gè)陰性對(duì)照
過表達(dá)實(shí)驗(yàn)里是空載體,里面沒有負(fù)載任何基因
在 RNAi 實(shí)驗(yàn)里是一段打亂序列不影響任何基因表達(dá)的序列树灶,也就是無效的 siRNA
Fig.2 里面的小圖 a纤怒,應(yīng)該先提供過表達(dá)或者沉默有效的證據(jù)
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檢測(cè)表型功能的實(shí)驗(yàn)
Fig.2 剩下的那些小圖
in vitro的結(jié)果
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體內(nèi)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)
- Fig.3 in vivo的表型驗(yàn)證
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Rescue 實(shí)驗(yàn) 回復(fù)實(shí)驗(yàn)
同一個(gè)條件下先正向再反向,或者先反向再正向觀察表型的得而復(fù)失或者失而復(fù)得
很好排除現(xiàn)象背后的假陽(yáng)性本質(zhì)天通,建立可靠的因果邏輯
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單變量論證
先把基因用 siRNA 沉默掉
穩(wěn)定沉默這個(gè)基因的細(xì)胞分兩組
一組轉(zhuǎn)對(duì)照泊窘,另一組轉(zhuǎn)入過表達(dá)載體,然后觀察表型變化
過表達(dá)后能夠把原來沉默失去的表型回復(fù)回來,證明該表型是依賴于這個(gè)分子存在而存在的
總結(jié)
五步總結(jié)起來是 12 個(gè)字——表達(dá)差異州既、正反回復(fù)谜洽、細(xì)胞動(dòng)物