具體的介紹和使用方法及原理：使用rmats進(jìn)行可變剪切的分析（摘自生信修煉手冊）
原理：我理解的原理是他利用了3-4個(gè)外顯子，檢測哪個(gè)是exon inclusion isoform笆载，哪個(gè)是exon skipping isoform,定量一下剪切百分率（PSI）吧慢，比較兩個(gè)樣本的PSI的差是不是大于自己設(shè)定的閾值（這一點(diǎn)不理解溃卡，是哪兩個(gè)isoform之間的對比沮焕，為什么是兩個(gè)樣本里的对室，不應(yīng)該是對應(yīng)的exon inclusion isoform和exon skipping isoform之間的對比嗎参滴？）
軟件用法示例：
1.數(shù)據(jù)下載：https://sourceforge.net/projects/rnaseq-mats/files/latest/download
gtf文件：Homo_sapiens.Ensembl.GRCh37.75.gtf
2.應(yīng)該安裝python2.7.x版本
3.基本用法：1)先判斷用哪個(gè)版本的python解釋程序
出現(xiàn)1114111說明用rMATS-turbo-Linux-UCS4
出現(xiàn)65535說明用rMATS-turbo-Linux-UCS2
用bam文件：python rMATS-turbo-xxx-UCSx/rmats.py --b1 b1.txt --b2 b2.txt -gtf gtf/Homo_sapiens.Ensembl.GRCh37.75.gtf -od bam_test -t paired --readLength 50 --cstat 0.0001 --libType fr-unstranded
特別注意:b1.txt和b2.txt保存的是每個(gè)樣本比對參考基因組的bam文件的路徑强岸，每個(gè)里面可以包含多個(gè)bam文件示例如下
具體參數(shù)意義：
遇到的問題：結(jié)果輸出文件只有表頭，沒有內(nèi)容砾赔，不知道怎么解決
