Linux課程---生信技能樹(shù)（賣(mài)萌哥）

01-介紹篇

1.為什么用conda杯聚，因?yàn)樵创a安裝太麻煩。Linux系統(tǒng)默認(rèn)你啥都會(huì)翰撑，所以作為Root客戶(hù)犁嗅，是真有可能弄壞root的呢？關(guān)于命令缔赠，你知道一些經(jīng)常用的知道用啥搜啥就好

2.http://man.linuxde.net/大概是目前最全的linux命令幫助文檔網(wǎng)站衍锚。。

3.在登錄節(jié)點(diǎn)跑東西會(huì)把服務(wù)器跑奔潰橡淑，這是不為管理員所允許的构拳。登錄節(jié)點(diǎn)就是登錄用的咆爽，安裝軟件可以在登錄節(jié)點(diǎn)安裝梁棠，很多計(jì)算結(jié)點(diǎn)是不聯(lián)網(wǎng)的，也是為了安全問(wèn)題斗埂。先到登錄節(jié)點(diǎn)符糊，再提交任務(wù)到計(jì)算節(jié)點(diǎn)。跑的時(shí)候可以直接跑到shh計(jì)算節(jié)點(diǎn)去呛凶，可以回顧之前干了什么（善于用腳本的文件進(jìn)行記錄男娄，你當(dāng)初是用什么命令跑的）

02總覽

1.課前預(yù)熱：

[if !supportLists]（1）[endif]課前準(zhǔn)備工作：安裝軟件

[if !supportLists]（2）[endif]心態(tài)準(zhǔn)備：在學(xué)linux之前，是否有擔(dān)心（linux技術(shù)漾稀，1994年模闲，不可能成為你學(xué)習(xí)上任務(wù)上的絆腳石，挺簡(jiǎn)單的）

[if !supportLists]（3）[endif]在學(xué)linux之前的一些疑問(wèn)：為什么學(xué)習(xí)Linux（高效穩(wěn)定崭捍；批量處理能力強(qiáng)尸折，多任務(wù)多用戶(hù)）；怎樣學(xué)好Linux（如同學(xué)習(xí)windows一樣多實(shí)踐殷蛇，要會(huì)場(chǎng)景遷移）实夹？?如何聽(tīng)這門(mén)課（先聽(tīng)，再多練習(xí)粒梦，多探索）亮航。

[if !supportLists]2.?[endif]Linux系統(tǒng)簡(jiǎn)介

2.1操作系統(tǒng)是管理和控制計(jì)算機(jī)硬件和軟件資源的最基本的計(jì)算機(jī)程序，任何應(yīng)用程序都必須基于操作系統(tǒng)的支持才能運(yùn)行匀们。常見(jiàn)三大操作系統(tǒng)：Windows缴淋；MacOS; Linux

2.2發(fā)行版本

一個(gè)典型的Linux桌面發(fā)行版包括一個(gè)Linux內(nèi)核。目前生信常用主要有兩個(gè)版本：Red Hat的CentOS, Debian系列的Ubuntu（更流行些）。作為普通用戶(hù)重抖，兩者沒(méi)有任何區(qū)別圆存，管理員才可能存在一些區(qū)別。Deepin國(guó)內(nèi)人自己開(kāi)發(fā)的仇哆，相應(yīng)效果還是挺好的沦辙。

[if !supportLists]3.?[endif]實(shí)戰(zhàn)1：登錄服務(wù)器 （連接服務(wù)器的兩種方式）法一Xshell填表法（連接中：主機(jī)號(hào)與端口按照曾老師提供的填；用戶(hù)身份驗(yàn)證填用戶(hù)名讹剔，填密碼就可以了）----登錄進(jìn)了之后油讯，最后一行是ID號(hào)，用exit退出Xshell系統(tǒng) 延欠；Mac用戶(hù)用Termius填表法 法二：ssh命令行法（直接輸ssh用戶(hù)名@IP地址 端口號(hào)（2333/6652）+再輸入密碼就可以了-----曾老師發(fā)的直接滿(mǎn)足）

[if !supportLists]4.?[endif]重新登錄（按一個(gè)上鍵陌兑，按Enter） ?修改命令行配色：運(yùn)行下面代碼，在linux命令示例由捎，md兔综。

[if !supportLists]5.?[endif]echo 'export PSI="\[\03312;\h;\u \w\007\003[33; lm\j\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\j\w[033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\w[0m\]"' >> ~/ .bashrc

（顏色配置沒(méi)有成功，為什么呢狞玛？软驰？？）

[if !supportLists]6.?[endif]

[if !supportLists]7.?[endif]文件結(jié)構(gòu)：在linux中心肪，一切皆文件（整體框架呈現(xiàn)倒置的樹(shù)狀圖） bin開(kāi)頭的主要存放命令文件锭亏；普通用戶(hù)的home家目錄（登錄面）；root用戶(hù)有所區(qū)別

[if !supportLists]8.?[endif]文件傳輸硬鞍，按

慧瘤，會(huì)直接進(jìn)入傳輸頁(yè)面，需要下載XFP固该，等會(huì)好好學(xué)習(xí)一下怎么樣將本地文件傳輸給服務(wù)器文件列表锅减。文件傳輸Mac是用FileZilla

04 如何查看文件目錄 ---pwd

1.命令格式：命令+ 選項(xiàng)（如-鍵+（參數(shù)）） + 文件

command +[options [parameter]] + File“Linux里面最遠(yuǎn)的距離是空格隔開(kāi)的距離”

command命令名，相應(yīng)功能的單詞或者縮寫(xiě)伐坏。

options用來(lái)對(duì)命令進(jìn)行控制怔匣，也可以省略。--help與-h一種是長(zhǎng)格式著淆，一種是短格式劫狠，本質(zhì)相同。parameter:傳給命令的參數(shù)永部，可以是零個(gè)独泞，可以多個(gè)?File 要處理的文件名

[if !supportLists]2.?[endif]文件夾與文件管理命令（pws;ls;cd;mkdir;touch;mv;rm;tar;ln）十個(gè)命令完成基本文件管理

按照?qǐng)鼍叭ブv（講命令的講法，可以學(xué)習(xí)生信技能樹(shù)賣(mài)萌哥老師的）：1.工作目錄（pwd ls cd） 2.創(chuàng)建（mkdir touch） 3.操作文件（rm mv cp） 4.壓縮（tar） 5.鏈接（ln）

[if !supportLists]2.1?[endif]pwd(我在哪); cd(我要去哪)苔埋； ls（這里有啥） ?cd /（進(jìn)入根目錄懦砂；~（波浪號(hào)）是家目錄；/是根目錄或者目錄分隔符；..是上一層目錄荞膘；）要有cd到一個(gè)新的地方罚随，ls環(huán)顧四周的學(xué)習(xí)習(xí)慣。

[if !supportLists]2.2?[endif]Linux常用快捷鍵（大概十個(gè)）：Tab(補(bǔ)全羽资，補(bǔ)齊時(shí)區(qū)分于R淘菩，注意下面包括地文件去搜（以目錄的方式去補(bǔ)齊，效果相較而言比較好屠升，如果有多個(gè)同樣開(kāi)頭的潮改，則需要你自身選擇「古快捷鍵復(fù)制即可（我用的是滾輪鍵））) ; Ctrl+U(剪切光標(biāo)位置到行首的字符---直接刪除一行汇在，也可以直接復(fù)制一行)；Ctrl+Y（粘貼命令行剪切的內(nèi)容）脏答；Ctrl+C（終止任務(wù)）?Ctrl+L:(清屏--其實(shí)是幫你拉到最下頭了糕殉，并不是完全刪除了)； Ctrl+E(回到行尾--傳送門(mén)去改) 殖告；Ctrl+A（回到行首）阿蝶；Ctrl+W（剪切一個(gè)單詞---剪切前后有空格空開(kāi)）；Ctrl+Z（暫停內(nèi)容）丛肮；Ctrl+K（剪切光標(biāo)位置到行首的字符） 搜索Linux常用快捷鍵赡磅，掌握更多的快捷鍵魄缚，更愉快地使用Linux（快捷鍵決定效率宝与，這一步一定要去做，并且記牢固冶匹，學(xué)會(huì)運(yùn)用快捷鍵）习劫。點(diǎn)開(kāi)鍵盤(pán)與鼠標(biāo)的編輯，里面含有大量的快捷鍵嚼隘，自己可以學(xué)習(xí)诽里，但注意你在Xshell用的快捷鍵，是在Xshell軟件時(shí)能用的快捷鍵飞蛹，而不是Linux系統(tǒng)的快捷鍵谤狡。

05 如何操作工作目錄---cd、 ls

[if !supportLists]1.?[endif]常見(jiàn)cd用法（路徑/目錄）

cd ..(上層)卧檐； ?cd ../..(上層的上層目錄)墓懂； cd /（根目錄）； cd /bin(（根目錄下的bin霉囚，絕對(duì)路徑） cd ~ =cd （兩種進(jìn)入家目錄的方式捕仔，后一種是默認(rèn)的）， cd -（返回上一次的工作目錄，如果上面有5層榜跌，這樣就一個(gè)cd -就可以到達(dá)）

[if !supportLists]2.?[endif]ls 常見(jiàn)參數(shù)（ls -a（包括隱藏的文件也出來(lái)了闪唆，隱藏文件以.的形式出現(xiàn)）注意ls -lh與ls -l -h是一樣的

;ls -l（列出目錄的詳細(xì)信息）；ls -h（看目錄下各個(gè)文件的大小钓葫，注意用的方式是ls -lh）悄蕾；ls -S(按照文件大小進(jìn)行排序，注意用的是ls -lhS)础浮；ls -t（按照大小排序笼吟，具體用法是ls -lht）;ls -R(遞歸目錄列出文件，一層一層列下來(lái))） 修改顏色在.bashrc中進(jìn)行修改霸旗。

注意進(jìn)入一個(gè)文件夾直接cd自身ls下的 文件夾就行贷帮，不需要/（分割符），一層一層進(jìn)入即可诱告，同ls的用法撵枢，自身就是根（只要用ls看的自身包含就可以），這一點(diǎn)犯傻了

有些陌生的概念：ls =ll 精居；ls ./*txt（列出當(dāng)前目錄下以txt結(jié)尾的文件锄禽，*是一種通配符，可以回到家目錄試一下（cd）,若不是結(jié)尾靴姿，如搜file沃但，則需要將通配符*后置，ls ./file*）佛吓；ls ../列出上層目錄的文件宵晚。

創(chuàng)建文件夾（touch；mkdir）

* 匹配任意多個(gè)字符（0到正無(wú)窮） ?维雇？匹配最多一次（0次或者1次淤刃，其實(shí)其意思是0到一個(gè)字符，自身驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)吱型，貌似以一個(gè)問(wèn)好只能是一個(gè)字符）ls file??.txt(兩個(gè)問(wèn)好則代表兩個(gè)字符)

[if !supportLists]3.?[endif]展開(kāi)講講：文件夾與文件管理

前四行主要包括文件屬性逸贾；文件個(gè)數(shù)；所有者津滞；屬組铝侵，后幾行是文件大小，時(shí)間触徐，文件名咪鲜。（七行）

06如何建立新建文件及文件夾----mkdir、touch

1.創(chuàng)建一個(gè)文件/文件夾很容易锌介，批量創(chuàng)建文件嗜诀、文件夾呢猾警？

那如果建個(gè)十層的文件夾，一層套一層如何構(gòu)建呢隆敢？這時(shí)候就需要用到-p/--parents參數(shù)发皿，--遞歸參數(shù)；遞歸創(chuàng)建目錄拂蝎。常用用法：mkdir [-p]目錄名

必須加p這個(gè)遞歸參數(shù)穴墅，否則會(huì)報(bào)錯(cuò)。

tree命令絕了温自，可以展示文件層次玄货，跟個(gè)思維導(dǎo)圖似的(樹(shù)的形狀)，非常非常棒悼泌。

[if !supportLists]3.?[endif]展開(kāi)講講：命名文件/文件夾規(guī)則

a.文件名之間不能有空格松捉，否則就是兩個(gè)文件夾 b.要有意義，避免造成模糊的含義 c.命名法：建議使用駝峰法命名法（大小寫(xiě)交替）/蛇形法命名（-下劃線(xiàn)分開(kāi)）

4.tree:以樹(shù)的結(jié)構(gòu)展示文件目錄結(jié)構(gòu)

常用參數(shù)：

-L（level （層次）幾級(jí)呈現(xiàn)馆里，如-L1隘世；最主要的一層以樹(shù)狀形式呈現(xiàn)，-L 2 最主要的兩層）

-p ?（）

-u

-g

-s

-h

-D ?(自身可以查詢(xún)中文版剛剛那個(gè)網(wǎng)址鸠踪，看其每個(gè)參數(shù)具體的含義)

[if !supportLists]4.?[endif]文件夾與文件管理touch:新建文件 ?touch file

07 如何操作文件以及文件夾 --mv丙者、cp ?、rm 营密、ln

[if !supportLists]1.?[endif]場(chǎng)景3：文件搬搬搬 --移動(dòng)和重命名都是mv械媒、復(fù)制和刪除

mv常見(jiàn)用法 ??移動(dòng)（移動(dòng)到哪個(gè)文件夾，哪個(gè)目錄--這個(gè)到哪就表明要有相應(yīng)的分隔符/）：重命名move file file1（代表重命名评汰，只具有兩個(gè)名字）

2.寫(xiě)點(diǎn)東西寫(xiě)進(jìn)文件夾里用echo echo ”Hello”fiel.txt ?(把hello寫(xiě)進(jìn)fiel.txt文件夾里去) ?cat file.txt（讀取fiel文件）

3.那個(gè)>大于號(hào)是echo的導(dǎo)入符纷捞。注意，必不可少键俱。echo “a”>B.txt（注意要在.txt文件中書(shū)寫(xiě)）

移動(dòng)到目錄兰绣，也比較相似

[if !supportLists]5.?[endif]cp： copy and paste

常見(jiàn)參數(shù)：cp readme.txt ./biotrainee/readme（考A考到這了，readme可以改名但如果不填會(huì)保持原來(lái)的名字） ?(要分隔编振，必須指明位置，下圖的示例用./進(jìn)行了說(shuō)明) cp readme.txt readme直接拷貝到當(dāng)前目錄

[if !supportLists]6.?[endif]rm:remove

刪除文件（rm fiel）-f強(qiáng)制刪除 ?-i刪前會(huì)詢(xún)問(wèn)用戶(hù) ?-r 遞歸刪除文件夾 ?rm-rf（刪除跑路臭埋，遞歸強(qiáng)刪）rm -ri lj/（每一級(jí)都會(huì)問(wèn)你踪央，該不該刪）

刪除文件夾要用-r參數(shù)： rm -r lj/

6.1 touch fiel{1:5} ?touch fiel{1:5}注意連續(xù)構(gòu)建五個(gè)文件夾是這個(gè)額

[if !supportLists]7.?[endif]場(chǎng)景4：創(chuàng)建軟連接

[if !supportLists]1.?[endif]軟鏈接----相當(dāng)于Windows下的快捷方式 2.節(jié)約空間

注意其與cp的同與不同（因?yàn)槎嘤脩?hù)多線(xiàn)程---多用戶(hù)可以公用一份原始文件，其它用軟連接瓢阴，不用copy畅蹂，省空間快捷（類(lèi)似方向指示牌））

2.硬鏈接 ?----類(lèi)似多開(kāi)一扇門(mén)，多開(kāi)一扇通道

ln ??: link不加參數(shù)為硬鏈接荣恐，加了為軟鏈接液斜，加上-s即為軟鏈接累贤，軟鏈接的作用方式類(lèi)似于快捷方式 （注意寫(xiě)軟鏈接必須寫(xiě)絕對(duì)路徑，寫(xiě)相對(duì)路徑會(huì)失效）相對(duì)路徑的寫(xiě)法上稍微存在一些疑問(wèn),好好練習(xí)下少漆。

Ln -s TARGET DIRECTORY

這一節(jié)的題目稍微做一下