筆記整理

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R包安裝 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html

看了生信技能樹曾老師的R包安裝視頻教程娃豹，可到官網(wǎng)或者通過微云傳輸下載R包绍撞，根據(jù)電腦配置（有Window系統(tǒng)和Mac系統(tǒng)）選擇匹配的R包祟剔，在安裝過程中奉呛，選默認安裝途徑就可以末购。

R包安裝指導http://www.reibang.com/p/f3ac3ec511da

已看過生信技能樹團隊出品的R包安裝指導視頻教程。

簡單了解二代測序https://share.weiyun.com/5dLV9A7 密碼：wsstn9

已看過鏈接中的視頻礼预，了解二代測序的原理和方法脑融。

R markdown使用

在作業(yè)中有

數(shù)據(jù)存讀：http://www.reibang.com/p/6ba9da4e2f5b
http://www.reibang.com/p/6ba9da4e2f5b

下載的txt文件.png

a<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt')
b<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',)
d<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',comment.char = '!',sep='\t')
f<-read.table('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',sep = '\t',)
####dim（詢問數(shù)據(jù)類型的維度）
dim(d)
dim(f)
head(d)
head(f)
tail(d)
tail(f)
write.table(x = f,file = '0418.txt')

> a<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt')
> b<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',)
> d<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',comment.char = '!',sep='\t')
> f<-read.table('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',sep = '\t',fill=T,skip=66,header=T)
> dim(d)
[1] 22277     7
> dim(f)
[1] 22278     7
> head(d)
    ID_REF GSM431121 GSM431122  GSM431123  GSM431124  GSM431125  GSM431126
1 1007_s_at 481.59980 596.79062 2721.83475 2566.31563 2737.76320 2629.25380
2   1053_at 306.82972 224.97956  246.73288  251.85537  245.55677  196.34917
3    117_at  30.32576  27.28749   40.12724   40.04009   48.14327   37.57184
4    121_at 125.04107 147.67525  138.18675  160.26449  151.04978  143.56799
5 1255_g_at  19.87286  18.08049   19.11944   19.19024   21.11857   18.96300
6   1294_at  61.81515  57.12277   49.46442   45.69329   49.95233   46.70881
> head(f)
    ID_REF GSM431121 GSM431122  GSM431123  GSM431124  GSM431125  GSM431126
1 1007_s_at 481.59980 596.79062 2721.83475 2566.31563 2737.76320 2629.25380
2   1053_at 306.82972 224.97956  246.73288  251.85537  245.55677  196.34917
3    117_at  30.32576  27.28749   40.12724   40.04009   48.14327   37.57184
4    121_at 125.04107 147.67525  138.18675  160.26449  151.04978  143.56799
5 1255_g_at  19.87286  18.08049   19.11944   19.19024   21.11857   18.96300
6   1294_at  61.81515  57.12277   49.46442   45.69329   49.95233   46.70881
> tail(d)
              ID_REF GSM431121 GSM431122 GSM431123 GSM431124 GSM431125 GSM431126
22272  AFFX-ThrX-3_at  25.14590  25.55137  25.96761  26.44569  30.54909  24.86885
22273  AFFX-ThrX-5_at  19.88238  19.44767  19.86274  20.04666  22.50811  19.22124
22274  AFFX-ThrX-M_at  18.68637  18.06303  18.94539  19.43978  19.48697  18.94799
22275 AFFX-TrpnX-3_at  19.93025  20.31343  19.57098  19.91236  20.14536  20.05193
22276 AFFX-TrpnX-5_at  18.73988  19.09319  19.23404  18.54682  21.10093  18.34052
22277 AFFX-TrpnX-M_at  18.91361  19.58369  19.00904  18.34500  18.64643  17.76356
> tail(f)
                       ID_REF GSM431121 GSM431122 GSM431123 GSM431124 GSM431125 GSM431126
22273           AFFX-ThrX-5_at  19.88238  19.44767  19.86274  20.04666  22.50811  19.22124
22274           AFFX-ThrX-M_at  18.68637  18.06303  18.94539  19.43978  19.48697  18.94799
22275          AFFX-TrpnX-3_at  19.93025  20.31343  19.57098  19.91236  20.14536  20.05193
22276          AFFX-TrpnX-5_at  18.73988  19.09319  19.23404  18.54682  21.10093  18.34052
22277          AFFX-TrpnX-M_at  18.91361  19.58369  19.00904  18.34500  18.64643  17.76356
22278 !series_matrix_table_end        NA        NA        NA        NA        NA        NA
> write.table(x = f,file = '0418.txt')

作業(yè)

1.read.table參數(shù)理解

file:文件名（包在“”內(nèi)疮装，或者使用一個字符型變量），可能需要全程路徑（注意即使是在windows下雌续，符號\也不允許包含在內(nèi)斩个，必須使用/替換），或者一個URL鏈接（http://...）(用URL對文件遠程訪問)驯杜。
header：一個邏輯值（FALSE or TRUE）用來反映這個文件的第一行是否包含變量名受啥。
sep：文件中的字段分隔符，例如對用制表符分隔的文件使用sep=“\t”鸽心。
quote：指定用于包圍字符型數(shù)據(jù)的字符滚局。
dec：用來表示小數(shù)點的字符。
row.names：保存行名的向量顽频，或文件中一個變量的序號或名字藤肢，缺省時行號取為1，2糯景，3...
col.names：指定列名的字符向量（缺省值是：V1嘁圈，V2,V3...）。
as.is：控制是否將字符型變量轉(zhuǎn)化為因子型變量（如果值為FALSE）蟀淮，或者仍將其保留為字符型（TRUE）最住。as.is可以是邏輯型，數(shù)值型或字符型向怠惶，用來判斷變量是否被保留為字符涨缚。
na.strings：代表缺失數(shù)據(jù)的值（轉(zhuǎn)化NA）。
colClasses：指定各列的數(shù)據(jù)類型的一個字符型變量策治。
nrows：可以讀取的最大行數(shù)（忽略負值）脓魏。
skip：在讀取數(shù)據(jù)前跳過的行數(shù)。
check.names：如果為TRUE通惫，則檢查變量名是否存在R中有效茂翔。
fill：如果為TRUE且非所有的行中變量數(shù)目相同，則用空白填補履腋。
strip.white：在sep已指定的情況下檩电，如果為TRUE，則刪除字符型變量前后多余的空格府树。
blank.lines.skip：如果為TRUE，忽略空白行料按。
comment.char：一個字符用來在數(shù)據(jù)文件中寫注釋奄侠，以這個字符開頭的行將被忽略（要禁用這個參數(shù)，可使用comment.char=""）载矿。

2.運行各參數(shù)后垄潮，找出你認為讀取文件用得比較多的參數(shù)

讀取文件用得比較多的參數(shù)有：
“header”烹卒，“sep”，“quote”弯洗，“na.strings”旅急，“fill”，“strip.white ”牡整，“blank.lines.skip”藐吮，“comment.char ”，“”等等逃贝。

3.對上述參數(shù)用法進行理解并整理

header：按照慣例谣辞，首行只有對應(yīng)列的字段而沒有行標簽對應(yīng)的字段。因此沐扳，它會比余下的行少一個字段泥从。（如果需要在 R 里面看到這一行，設(shè)置 header = TRUE沪摄。）如果要讀取的文件里面有行標簽的頭字段（可能是空的）躯嫉，以下面的方式讀取
read.table("file.dat", header = TRUE, row.names = 1)
列名字可以通過 col.names 顯式地設(shè)定；顯式設(shè)定的名字會替換首行里面的列名字（如果存在的話）杨拐。
sep：通常祈餐，打開文件看一下就可以確定文件所使用的字段分隔符，但對于空白分割的文件戏阅，可以選擇默認的sep = "" （它能使用任何空白符作為分隔符昼弟，比如空格，制表符奕筐，換行符）舱痘， sep = " " 或者 sep = "\t"。注意离赫，分隔符的選擇會影響輸入的被引用的字符串芭逝。如果你有含有空字段的制表符分割的文件，一定要使用 sep = "\t"渊胸。
quote：默認情況下旬盯，字符串可以被 " 或 ' 括起，并且兩種情況下翎猛，引號內(nèi)部的字符都作為字符串的一部分胖翰。有效的引用字符（可能沒有）的設(shè)置由參數(shù) quote 控制。對于sep = "\n"切厘，默認值改為 quote = ""萨咳。如果沒有設(shè)定分隔字符，在被引號括起的字符串里面疫稿，引號需要用 C格式的逃逸方式逃逸培他，即在引號前面直接加反斜杠 \鹃两。如果設(shè)定了分隔符，在被引號括起的字符串里面舀凛，按照電子表格的習慣俊扳，把引號重復兩次以達到逃逸的效果。
na.strings ：默認情況下猛遍，文件是假定用 NA 表示缺損值馋记，但是，這可以通過參數(shù) na.strings 改變螃壤。參數(shù) na.strings 是一個可以包括一個或多個缺損值得字符描述方式的向量抗果。 數(shù)值列的空字段也被看作是缺損值。在數(shù)值列奸晴，值 NaN冤馏，Inf 和 -Inf 都可以被接受的。
fill：從一個電子表格中導出的文件通常會把拖尾的空字段寄啼。
strip.white ：如果設(shè)定了分隔符逮光，字符字段起始和收尾處的空白會作為字段一部分看待的。為了去掉這些空白墩划，可以使用參數(shù) strip.white = TRUE涕刚。
blank.lines.skip：默認情況下，read.table 忽略空白行乙帮。這可以通過設(shè)置 blank.lines.skip = FALSE 來改變杜漠。但這個參數(shù)只有在和 fill = TRUE 共同使用時才有效。這時察净，可能是用空白行表明規(guī)則數(shù)據(jù)中的缺損樣本驾茴。
comment.char：默認情況下，read.table 用 # 作為注釋標識字符氢卡。如果碰到該字符（除了在被引用的字符串內(nèi)）锈至，該行中隨后的內(nèi)容將會被忽略。只含有空白和注釋的行被當作空白行译秦。
如果確認數(shù)據(jù)文件中沒有注釋內(nèi)容峡捡，用 comment.char = "" 會比較安全 （也可能讓速度比較快）。

4.read.csv參數(shù)理解

file:文件名（包在“”內(nèi)筑悴，或者使用一個字符型變量）们拙，可能需要全程路徑（注意即使是在windows下，符號\也不允許包含在內(nèi)阁吝，必須使用/替換）睛竣，或者一個URL鏈接（http://...）(用URL對文件遠程訪問)。
header：一個邏輯值（FALSE or TRUE）用來反映這個文件的第一行是否包含變量名求摇。
sep：文件中的字段分隔符射沟，例如對用制表符分隔的文件使用sep=“\t”。
quote：指定用于包圍字符型數(shù)據(jù)的字符与境。
dec：用來表示小數(shù)點的字符验夯。
fill：如果為TRUE且非所有的行中變量數(shù)目相同，則用空白填補摔刁。
comment.char：一個字符用來在數(shù)據(jù)文件中寫注釋挥转，以這個字符開頭的行將被忽略（要禁用這個參數(shù)，可使用comment.char=""）共屈。

5.運行各參數(shù)后绑谣，找出你認為讀取文件用得比較多的參數(shù)

read.csv里的參數(shù)不多，如運行以下命令時拗引，讀取文件用得比較多的參數(shù)有借宵，“header”，“ sep ”矾削，“ quote”壤玫，“dec”，“fill ”哼凯，“comment.char ”欲间。

a<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt')
b<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',)
d<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',comment.char = '!',sep='\t')
f<-read.table('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',sep = '\t',)
####dim（詢問數(shù)據(jù)類型的維度）
dim(d)
dim(f)
head(d)
head(f)
tail(d)
tail(f)
write.table(x = f,file = '0418.txt')

6.對上述參數(shù)用法進行理解并整理

header：按照慣例，首行只有對應(yīng)列的字段而沒有行標簽對應(yīng)的字段断部。因此猎贴，它會比余下的行少一個字段。（如果需要在 R 里面看到這一行蝴光，設(shè)置 header = TRUE她渴。）如果要讀取的文件里面有行標簽的頭字段（可能是空的），以下面的方式讀取
read.table("file.dat", header = TRUE, row.names = 1)
列名字可以通過 col.names 顯式地設(shè)定虱疏；顯式設(shè)定的名字會替換首行里面的列名字（如果存在的話）惹骂。
sep：通常，打開文件看一下就可以確定文件所使用的字段分隔符做瞪，但對于空白分割的文件对粪，可以選擇默認的sep = "" （它能使用任何空白符作為分隔符，比如空格装蓬，制表符著拭，換行符）， sep = " " 或者 sep = "\t"牍帚。注意儡遮，分隔符的選擇會影響輸入的被引用的字符串。如果你有含有空字段的制表符分割的文件暗赶，一定要使用 sep = "\t"鄙币。
quote：默認情況下肃叶，字符串可以被 " 或 ' 括起，并且兩種情況下十嘿，引號內(nèi)部的字符都作為字符串的一部分因惭。有效的引用字符（可能沒有）的設(shè)置由參數(shù) quote 控制。對于sep = "\n"绩衷，默認值改為 quote = ""蹦魔。如果沒有設(shè)定分隔字符，在被引號括起的字符串里面咳燕，引號需要用 C格式的逃逸方式逃逸勿决，即在引號前面直接加反斜杠 \。如果設(shè)定了分隔符招盲，在被引號括起的字符串里面低缩，按照電子表格的習慣，把引號重復兩次以達到逃逸的效果宪肖。
fill：從一個電子表格中導出的文件通常會把拖尾的空字段表制。
strip.white ：如果設(shè)定了分隔符，字符字段起始和收尾處的空白會作為字段一部分看待的控乾。為了去掉這些空白么介，可以使用參數(shù) strip.white = TRUE。
comment.char：默認情況下蜕衡，read.table 用 # 作為注釋標識字符壤短。如果碰到該字符（除了在被引用的字符串內(nèi)），該行中隨后的內(nèi)容將會被忽略慨仿。只含有空白和注釋的行被當作空白行久脯。
如果確認數(shù)據(jù)文件中沒有注釋內(nèi)容，用 comment.char = "" 會比較安全 （也可能讓速度比較快）镰吆。

7.Rmarkdown 的各部件功能理解（文字描述）

在RStudio中從文件夾“file”的子目錄“New file”里打開R markdown：

markerdown的打開方式.png

了解markdown一些選項和圖標的功能：
如圖中的解釋：

選項及圖標功能.png

8.安裝R包 pheatmap帘撰，并截圖安裝結(jié)果

pheatmap安裝結(jié)果.png

9.pheatmap的功能了解（文字描述）

R語言中的pheatmap包是制作熱圖的一個工具，在基因表達中万皿，根據(jù)得來的實驗數(shù)據(jù)摧找，在使用pheatmap制作的基因表達或其它測試結(jié)果的熱圖中，如可以用不同顏色展示基因的表達量的差異牢硅。

10.pheatmap對讀到的數(shù)據(jù)進行畫圖（圖片展示）

注：引用網(wǎng)上的數(shù)據(jù)(https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72770404)練習蹬耘，剛接觸，需要花一些時間去了解

library(pheatmap)
#創(chuàng)建數(shù)據(jù)集test測試矩陣
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")
# 用pheatmap函數(shù)畫熱圖
pheatmap(test)

pheatmap 制作熱圖 20190427 .png

在熱圖格子里展示文本

pheatmap(test, display_numbers = TRUE)
pheatmap(test, display_numbers = TRUE, number_format = "\%.1e")
pheatmap(test, display_numbers = matrix(ifelse(test > 5, "*", ""), nrow(test)))

在熱圖格子里添加文本.png

pheatmap還可以顯示行或列的分組信息减余，支持多種分組综苔；

annotation_col = data.frame(CellType = factor(rep(c("CT1", "CT2"), 5)), Time = 1:5)
rownames(annotation_col) = paste("Test", 1:10, sep = "")

annotation_row = data.frame(GeneClass = factor(rep(c("Path1", "Path2", "Path3"), c(10, 4, 6))))
rownames(annotation_row) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

pheatmap(test, annotation_col = annotation_col, annotation_row = annotation_row)

在熱圖里進行行和列分組.png