GSEA文件有8類基因集钥平，基本上可以解決80%-90%用到的問題糠惫，當然疫剃，我們都還有個性化需求，這個時候就需要我們自己動手啦硼讽。
先來觀察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all.v7.0.symbols.gmt)：
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共有3列信息：
第1列：基因集名稱（geneset names）
第2列：基因集的URL巢价，(備注：沒有URL，直接寫“NA”)
第3列：基因集包含的基因
制作gmt文件
假如有這么一列基因
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rt <- read.table("gene.txt")
gset <- c("Hallmark_my_geneset","NA",rt$V1)
gset <- gset%>%
as.data.frame() %>%
t()
write.table(gset,file = "Hallmark_my_geneset.gmt",sep = "\t",row.names = F,col.names = F,quote = F)
這樣自定義的gmt文件就做好了，下一步就可以愉快的進行GSEA/GSVA/ssGSEA分析嘍壤躲。
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參考鏈接：
制作自己的gene set文件給gsea軟件
