轉(zhuǎn)錄組是一類讓人既愛又恨的項(xiàng)目历帚，實(shí)驗(yàn)門檻低沽甥，卻是文章泛濫的重災(zāi)區(qū)桶蝎，總有人問小編驻仅，現(xiàn)在轉(zhuǎn)錄組還能發(fā)文章嗎？下面小編就借一篇2020年5月4日發(fā)表在BMC Genomics上題為：Transcriptome analysis reveals rapid defence responses in wheat induced by phytotoxic aphid Schizaphis graminum feeding 的文章登渣，詳細(xì)地論述下2020年轉(zhuǎn)錄組文章到底有多難發(fā)噪服？怎么發(fā)？下面我們先看下這篇文章具體內(nèi)容：實(shí)驗(yàn)簡介：文章研究的是小麥幼苗在麥二叉蚜采食后的快速防衛(wèi)反應(yīng)胜茧，分別于采食2粘优、6、12、24敬飒、48 h后取幼苗葉片（3次生物學(xué)重復(fù)），進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序芬位、葉綠素測定以及H2O2 積累測定以及NADPH抑制劑處理進(jìn)一步探究小麥在咬食后氧迸發(fā)防御機(jī)制无拗。實(shí)驗(yàn)結(jié)果：
1.?麥二叉蚜采食后小麥轉(zhuǎn)錄組分析這部分結(jié)果展示比較套路，主要是通過PCA分析看了下樣品相關(guān)性及處理效應(yīng)昧碉，介紹了一下差異基因總體情況英染。如下圖：
2. 差異基因GO分析作者按上調(diào)/下調(diào)基因集分別進(jìn)行GO注釋，并按時(shí)間點(diǎn)分別論述上調(diào)/下調(diào)基因集富集情況被饿，如下圖：
3.?麥二叉蚜采食后小麥葉片葉綠素含量變化從差異基因GO分析可以看出四康，蚜蟲采食可以負(fù)向調(diào)控小麥的光合作用過程、光捕獲和光系統(tǒng)相關(guān)基因狭握，所以作者又測定了采食后小麥葉片葉綠素含量變化闪金，如下圖：
4.?麥二叉蚜采食后小麥葉片中水楊酸、茉莉酸相關(guān)防御途徑的基因表達(dá)參與SA生物合成的苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因在不同時(shí)間點(diǎn)均顯著上調(diào)论颅，但表達(dá)水平隨采食時(shí)間的增加而逐漸降低哎垦；茉莉酸代謝途徑中三種脂氧合酶(LOX)基因均顯著上調(diào)；受MAPKs調(diào)控的WRKY轉(zhuǎn)錄因子也顯示上調(diào)恃疯，如下圖：
5.?二叉蚜采食后小麥葉片中過氧化氫(H2O2)積累和抗氧化酶活性的變化蚜蟲采食明顯上調(diào)活性氧清除基因的表達(dá)漏设，進(jìn)一步通過3,3 ' -二氨基聯(lián)苯胺(DAB)對小麥小麥葉片進(jìn)行細(xì)胞學(xué)染色，采食2h后就出現(xiàn)H2O2積累今妄，并且隨采食時(shí)間的延長郑口，斑點(diǎn)數(shù)量和大小逐漸增加，如下圖：
6. NADPH氧化酶抑制對小麥葉片H2O2積累和防御反應(yīng)的影響NADPH氧化酶抑制劑二苯碘銨(DPI)不僅能明顯抑制由采食引起的氧迸發(fā)盾鳞，并且對小麥葉片防御應(yīng)答基因表達(dá)水平也有明顯的下調(diào)作用犬性。
以上就是該篇文章全部結(jié)果，回頭來看腾仅，這個(gè)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)并不復(fù)雜仔夺，內(nèi)容也不是過多，為啥人家能發(fā)表而你卻被拒稿呢攒砖？要知道缸兔，就這個(gè)2區(qū)3.5分影響因子的BMC Genomics ，也是很多人渴望而不可得的存在吹艇。
2020年惰蜜，轉(zhuǎn)錄組類文章到底有多難發(fā)？從這篇文章我們可以看到受神，文章并沒有你想像中的難發(fā)抛猖，我試著從中提煉以下幾點(diǎn)，希望對您有所借鑒。
1. 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)相對合理财著，層級(jí)遞進(jìn)联四，取樣點(diǎn)與植物防衛(wèi)三級(jí)級(jí)聯(lián)反應(yīng)基本對應(yīng)，后續(xù)分析論述層次較為分明撑教。
2. 轉(zhuǎn)錄組僅是的實(shí)驗(yàn)中的一部分朝墩，套路式的羅列結(jié)果的時(shí)代已沒過去了，將轉(zhuǎn)錄組與其他指標(biāo)融合在一起伟姐，就像本文中收苏，除了轉(zhuǎn)錄組，作者還進(jìn)一步進(jìn)行了生理指標(biāo)測定愤兵，如葉綠素含量鹿霸、氧迸發(fā)等，基因關(guān)聯(lián)性狀秆乳，使結(jié)果更有說服力懦鼠。
3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)介紹切忌空泛，要結(jié)合其他生理生化指標(biāo)屹堰，提煉出某些相關(guān)基因加以展示葛闷，如本文中葉綠素含量與表達(dá)下調(diào)的光捕獲、光和作用相關(guān)的基因双藕；H2O2積累和抗氧化酶活性的變化等淑趾。
4. 論文精華都在討論部分，多引用他人數(shù)據(jù)佐證自己的結(jié)果忧陪，能做到旁征博引扣泊，論文一般都錯(cuò)不了！精讀文獻(xiàn)原文嘶摊，請點(diǎn)擊文末“閱讀原文” 直達(dá)延蟹。
2020年，轉(zhuǎn)錄組類文章有多難發(fā)叶堆？其實(shí)難的是你不肯轉(zhuǎn)變觀念阱飘，時(shí)代不同了，老套路也就過時(shí)了虱颗；很多老師目前面對的難題不是手里沒數(shù)據(jù)沥匈，也不是不會(huì)寫論文，而是數(shù)據(jù)看不明白忘渔，分析便無從下手高帖，這個(gè)梗不破，怎么發(fā)文章畦粮？散址！我給大家推薦一部《轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果解讀》視頻教程乖阵，輕松解決您看不懂轉(zhuǎn)錄組結(jié)果數(shù)據(jù)的難題。
有參轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的解讀
https://study.163.com/course/introduction/1004723037.htm?share=1&shareId=1031484705
無參轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的解讀
https://study.163.com/course/introduction/1005207017.htm?share=1&shareId=1031484705
轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘技巧
https://study.163.com/course/introduction/1209486887.htm?share=1&shareId=1031484705
WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
https://study.163.com/course/introduction/1005023004.htm?share=1&shareId=1031484705
更多技能學(xué)習(xí)鏈接：
http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031484705
更多生物信息課程：
1. 文章越來越難發(fā)预麸？是你沒發(fā)現(xiàn)新思路瞪浸，基因家族分析發(fā)2-4分文章簡單快速，學(xué)習(xí)鏈接：基因家族分析實(shí)操課程吏祸、基因家族文獻(xiàn)思路解讀
2. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)理解不深入对蒲？圖表看不懂？點(diǎn)擊鏈接學(xué)習(xí)深入解讀數(shù)據(jù)結(jié)果文件犁罩，學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組（有參）結(jié)果解讀齐蔽；轉(zhuǎn)錄組（無參）結(jié)果解讀
3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深入挖掘技能-WGCNA两疚，提升你的文章檔次床估，學(xué)習(xí)鏈接：WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
4. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么挖掘？學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘诱渤、轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)解讀
5.微生物16S/ITS/18S分析原理及結(jié)果解讀丐巫、OTU網(wǎng)絡(luò)圖繪制、cytoscape與網(wǎng)絡(luò)圖繪制課程
6. 生物信息入門到精通必修基礎(chǔ)課勺美，學(xué)習(xí)鏈接：linux系統(tǒng)使用递胧、perl入門到精通、perl語言高級(jí)赡茸、R語言畫圖
7. 醫(yī)學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘課程缎脾，不用做實(shí)驗(yàn)也能發(fā)文章，學(xué)習(xí)鏈接：TCGA-差異基因分析占卧、GEO芯片數(shù)據(jù)挖掘遗菠、GSEA富集分析課程、TCGA臨床數(shù)據(jù)生存分析华蜒、TCGA-轉(zhuǎn)錄因子分析辙纬、TCGA-ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
8.其他課程鏈接：二代測序轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)自主分析、NCBI數(shù)據(jù)上傳叭喜、二代測序數(shù)據(jù)解讀贺拣。
