本文首發(fā)于公眾號：醫(yī)學和生信筆記
醫(yī)學和生信筆記嗤栓，專注R語言在臨床醫(yī)學中的使用冻河，R語言數(shù)據(jù)分析和可視化。主要分享R語言做醫(yī)學統(tǒng)計學茉帅、meta分析叨叙、網(wǎng)絡藥理學、臨床預測模型堪澎、機器學習擂错、生物信息學等。
前言
本期開始將推送使用R語言進行醫(yī)學統(tǒng)計學的相關內(nèi)容樱蛤。示例中用到的書籍電子版及配套數(shù)據(jù)已上傳到QQ群钮呀，需要的加群下載即可剑鞍。
使用R語言進行統(tǒng)計學是我學習R語言最開始的初衷，沒想到從此一發(fā)不可收拾爽醋，打開了新世界的大門蚁署。這個系列也是我最開始學習R語言時的筆記。希望對大家有幫助子房。
主要是用R語言復現(xiàn)課本中的例子形用。我使用的課本是孫振球主編的《醫(yī)學統(tǒng)計學》第4版，封面如下：
我的研究生課程并沒有把整本書的全部學完证杭，只學習了其中的一部分田度，因此本系列也是只針對其中學過的部分進行復現(xiàn)。另外對于統(tǒng)計描述部分也不在這里探討解愤。
t檢驗
t檢驗主要適用于1組或2組的均數(shù)的比較镇饺，要求數(shù)據(jù)符合正態(tài)性和方差齊性。關于t檢驗的本質(zhì)問題本文不做過多探討送讲，只是學習如何用R語言實現(xiàn)t檢驗奸笤！
在R中進行t檢驗非常簡單，就是 t.test()函數(shù)哼鬓，不管是單樣本监右、兩樣本都是這一個函數(shù)。使用R語言進行統(tǒng)計學比SPSS好的一點是异希，當你需要使用某種檢驗時健盒，直接打出這個檢驗的名字一般就會跳出來相關的函數(shù)，而我在學習使用SPSS進行各種統(tǒng)計檢驗時称簿，可能更多的是關注如何點點點（鼠標點擊菜單）扣癣，不利于記住哪種情況使用什么方法。
單樣本t檢驗
使用課本例3-5的數(shù)據(jù)憨降。
首先是讀取數(shù)據(jù)父虑，可以自己錄入，也可以使用課本光盤里的數(shù)據(jù)授药，我這里直接使用了光盤里的數(shù)據(jù)士嚎。
# 使用foreign包讀取SPSS數(shù)據(jù)
library(foreign)
df <- read.spss('E:/各科資料/醫(yī)學統(tǒng)計學/研究生課程/3總體均數(shù)的估計與假設檢驗18-9研/例03-05.sav',to.data.frame = T)
head(df)
數(shù)據(jù)一共兩列，第1列是編號悔叽，第二列是血紅蛋白值航邢，一共有36行。
進行單樣本t檢驗骄蝇，并與140進行比較：
st <- t.test(df$hb,mu=140,alternative = 'two.sided') # 雙側(cè)檢驗
st
One Sample t-test
data: df$hb
t = -2.1367, df = 35, p-value = 0.03969
alternative hypothesis: true mean is not equal to 140
95 percent confidence interval:
122.1238 139.5428
sample estimates:
mean of x
130.8333
結(jié)果顯示t=7.926，自由度df=9操骡，p<0.001九火，結(jié)果和課本一致赚窃。
兩樣本t檢驗
使用課本例3-7的數(shù)據(jù)。
首先是讀取數(shù)據(jù)岔激。
library(foreign)
df <- read.spss('E:/各科資料/醫(yī)學統(tǒng)計學/研究生課程/3總體均數(shù)的估計與假設檢驗18-9研/例03-07.sav',to.data.frame = T)
df$group <- c(rep('阿卡波糖',20),rep('拜糖平',20))
head(df)
一共有3列40行勒极，第1列是編號，第2列是血糖值虑鼎，第3列是組別（阿卡波糖組和拜糖平組辱匿，每組20個人）。
進行兩樣本t檢驗：
tt <- t.test(x ~ group, data = df, paired = F, var.equal = T) # 可以看到與配對樣本t檢驗的寫法稍有不同炫彩，其實都可以匾七，主要是看數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
tt
Two Sample t-test
data: x by group
t = -0.64187, df = 38, p-value = 0.5248
alternative hypothesis: true difference in means between group 阿卡波糖 and group 拜糖平 is not equal to 0
95 percent confidence interval:
-2.326179 1.206179
sample estimates:
mean in group 阿卡波糖 mean in group 拜糖平
2.065 2.625
結(jié)果顯示t=-0.64187，自由度df=38江兢，p=0.5248昨忆，結(jié)果和課本一致。
以上就是使用R語言進行t檢驗的例子杉允，希望對大家有幫助邑贴，如果有任何問題歡迎評論區(qū)留言或直接與我聯(lián)系。
本文首發(fā)于公眾號：醫(yī)學和生信筆記
醫(yī)學和生信筆記叔磷，專注R語言在臨床醫(yī)學中的使用拢驾，R語言數(shù)據(jù)分析和可視化。主要分享R語言做醫(yī)學統(tǒng)計學改基、meta分析繁疤、網(wǎng)絡藥理學、臨床預測模型寥裂、機器學習嵌洼、生物信息學等。
