? ? ? 關(guān)注分子診斷領(lǐng)域的朋友，最近應(yīng)該看到了羅氏布局分子診斷業(yè)務(wù)笋敞，收購(gòu)三代測(cè)序儀公司Stratos genomics的新聞音半。談到測(cè)序儀琳袄，大家首先都想到是Illunina和Thermo等二代測(cè)序儀君旦，羅氏之前的454估計(jì)已經(jīng)被遺忘了澎办。三代測(cè)序儀Nanopore和Pacbio平臺(tái)多數(shù)人也聽(tīng)說(shuō)過(guò)，但Stratos genomics是啥三代平臺(tái)金砍，他們又是什么測(cè)序原理?
? ? ? 先看下Stratos的儀器局蚀，外形像以前的老式碟機(jī)。
該平臺(tái)沒(méi)有繁瑣的文庫(kù)制備過(guò)程恕稠，測(cè)序速度快琅绅，符合臨床快速診斷的要求。reads讀長(zhǎng)222bp鹅巍，相比于常規(guī)三代的長(zhǎng)讀長(zhǎng)千扶，Stratos還是很短，和二代平臺(tái)在一個(gè)水平骆捧。除了直接測(cè)序澎羞，加入簡(jiǎn)潔的富集步驟，就可以進(jìn)行靶向測(cè)序凑懂。Stratos自己也將市場(chǎng)定位在簡(jiǎn)單快捷便宜的臨床小panel分子診斷以及全外顯子檢測(cè)兩個(gè)方向煤痕。
? ? ? ? 納米孔測(cè)序的一大難點(diǎn)就是，DNA分子通過(guò)納米孔時(shí)接谨，產(chǎn)生的信號(hào)很微弱，檢測(cè)起來(lái)很難塘匣，檢測(cè)到信號(hào)并準(zhǔn)確區(qū)分ATCG四種堿基就更難脓豪；另外分子通過(guò)納米孔的速度很快，相鄰堿基通過(guò)納米孔信號(hào)峰相隔很近忌卤，給最終信號(hào)讀取也帶來(lái)了一定難度扫夜。
? ? ? ? 為了解決這些問(wèn)題，Stratos開(kāi)發(fā)了SBX（Sequencing By eXpansion）技術(shù)。該技術(shù)的核心是一種叫X-NTPs的新核苷酸笤闯，和普通dNTPs相比堕阔，X-NTPs在堿基環(huán)和五碳糖連接的磷酸基團(tuán)之間，加入了一個(gè)loop颗味，該loop可以分別標(biāo)記ATCG四種不同的核苷酸超陆，并且可以放大通過(guò)納米孔時(shí)產(chǎn)生的信號(hào)，同時(shí)在五碳糖和相鄰的磷酸基團(tuán)之間有一個(gè)可切割的linker浦马。
DNA復(fù)制時(shí)时呀，特殊的DNA復(fù)制酶以X-NTP為底物，根據(jù)模板DNA的序列晶默，依次將ATCG四種不同的X-NTP連到3`端谨娜，復(fù)制出來(lái)的DNA鏈叫Xpandomer。DNA復(fù)制完成后磺陡，用特殊的酶在cleavable linker處切斷趴梢，切斷l(xiāng)inker后Xpandomer上的loop可以展開(kāi)，形成一條線性的分子币他，長(zhǎng)度是原來(lái)DNA長(zhǎng)度的50倍垢油，這條展開(kāi)的線性Xpandomer就可以上機(jī)測(cè)序。
由于長(zhǎng)度是原來(lái)的50倍圆丹，通過(guò)納米孔時(shí)滩愁，相鄰堿基的信號(hào)更容易區(qū)分，同時(shí)有l(wèi)oop的信號(hào)放大辫封，每個(gè)堿基的信號(hào)也更容易檢測(cè)硝枉。原理上SBX測(cè)序準(zhǔn)確度相比于之前的nanopore測(cè)序，應(yīng)該有所提高倦微。缺陷是讀長(zhǎng)短妻味，但用于常規(guī)分子診斷也夠了。
資料圖片均來(lái)自于Stratos genomics官方網(wǎng)站：
https://www.stratosgenomics.com/欣福。
