Ubuntu20.04亦可用糕非，檢測日期2021-02-27
轉(zhuǎn)載自如何安裝perl模塊 - 簡書
由于生物信息早期最多用的語言是perl，因此不可避免就要用別人的perl腳本或者基于perl的項目來處理數(shù)據(jù)窃蹋。
使用perl腳本和使用其他編程語言的腳本沒啥不同，畢竟你只要傳入?yún)?shù)有滑，它就能給你結(jié)果恐锦。因此對于我們這些不用perl寫腳本次乓，只需要調(diào)用的人而言，唯一要學(xué)會的事情就是“如何安裝perl的模塊”雳窟。
關(guān)于perl模塊安裝尊浪，最古老的方法就是使用perl -MCPAN -e shell或者是cpan（兩者等價），這也是我最先接觸的方法。這里介紹如何使用local::lib和cpanm實現(xiàn)非root權(quán)限安裝perl模塊拇涤。
使用系統(tǒng)自帶的perl
安裝任何軟件最怕遇到的問題就是權(quán)限問題捣作，因此我們需要先安裝local::lib，使得我們能夠?qū)erl模塊安裝到任何地方工育，簡單的說就是安裝到我們的家目錄下
第一步虾宇，下載源代碼進行編譯安裝
wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000029.tar.gz
tar xf local-lib-2.000029.tar.gz
cd local-lib-2.000029
perl Makefile.PL --bootstrap=~/opt
make test && make install
第二步：設(shè)置環(huán)境變量，使得perl在安裝模塊的時候會優(yōu)先使用我們指定的路徑
echo 'eval "$(perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt)"' >> ~/.bashrc
先用
perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt
表示運行前先添加$HOME/opt/lib/perl5到自己的搜索路徑@INC中如绸，然后傳入?yún)?shù)$HOME/opt執(zhí)行模塊local::lob嘱朽，這個模塊的執(zhí)行結(jié)果會輸出如下內(nèi)容
PATH="/home/polya/opt/bin${PATH:+:${PATH}}"; export PATH;
PERL5LIB="/home/polya/opt/lib/perl5${PERL5LIB:+:${PERL5LIB}}"; export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/home/polya/opt${PERL_LOCAL_LIB_ROOT:+:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT}}"; export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT="--install_base \"/home/polya/opt\""; export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/home/polya/opt"; export PERL_MM_OPT;
這些就作為eval的參數(shù)進行執(zhí)行，也就是說你重啟終端后后怔接，PERL5LIB PERL_LOCAL_LIB_ROOT,PERL_MB_OPT,PERL_MM_OPT這幾個變量就會重新設(shè)置搪泳，以此保證你后續(xù)安裝perl模塊時，會優(yōu)先安裝到自己的選擇的目錄
退出terminal,重新打開
第三步：安裝cpanm. 由于之前已經(jīng)配置了local::lib扼脐，因此perl編譯的工具都會默認安裝到~/opt目錄下
wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/M/MI/MIYAGAWA/App-cpanminus-1.7046.tar.gz
tar xf App-cpanminus-1.7046.tar.gz
cd App-cpanminus-1.7046
perl Makefile.PL
make test && make install
第四步：使用國內(nèi)鏡像提高下載速度岸军，可以通過別名的方式實現(xiàn)
echo 'alias cpanm="cpanm --mirror http://mirrors.163.com/cpan --mirror-only"' >>~/.bashrc
之后便可以使用cpanm Module::Name安裝任意的軟件了。
本實驗室成員可以直接安裝關(guān)聯(lián)軟件：
cpanm List::MoreUtils
sudo apt-get install libexpat1-dev
cpanm XML::Parser
cpanm XML::Simple
cpanm Time::Local
cpanm DBI
cpanm DBD::mysql
如果以前已經(jīng)安裝過多個Perl版本瓦侮，要永久更改INC
可以使用如下：
export PERL5LIB=/home/polya/opt/perl5:/home/polya/opt/lib/perl5/x86_64-linux-gnu-thread-multi
