寫在前面
約莫一個(gè)月前形庭，不知為何劫侧，突然收到好幾個(gè)朋友問了一些TBtools的使用問題埋酬。按照我個(gè)人的設(shè)想，TBtools的使用應(yīng)該不會(huì)存在使用問題烧栋。從開放使用至今写妥，幾乎沒有停止過接受用戶的反饋和改進(jìn)。感謝TBtools的用戶群體审姓，大家一起讓TBtools成為更實(shí)用的生信下游數(shù)據(jù)分析外掛小工具珍特。
然而，無論是我們?nèi)嗽俣嗄拢l(fā)現(xiàn)的問題還是有限扎筒。而每個(gè)人的軟件使用習(xí)慣也有所不同莱找，對(duì)于剛接觸生信流程化分析結(jié)果的朋友，尤其是濕實(shí)驗(yàn)室的朋友嗜桌，往往會(huì)不知所措奥溺，更或者耗費(fèi)大量寶貴的時(shí)間在重復(fù)一些諸如
- 序列提取
- 韋恩圖繪制
- 熱圖繪制
- GO富集分析/KEGG 通路富集分析
等繁雜而簡單的事情上。而這些分析目前均在TBtools上有一定程度的實(shí)現(xiàn)骨宠，因?yàn)樗麄兊脑順O其簡單浮定，但是操作卻非常耗時(shí)。使用TBtools层亿，用戶完全可以在極其短的時(shí)間內(nèi)掌握并使用桦卒。
而如何讓用戶盡可能短的時(shí)間內(nèi)，掌握TBtools的使用棕所？是一直困擾我的問題闸盔，所以也有了前面開設(shè)的課程悯辙，見TBtools正式開課的推文琳省，目前已征得已報(bào)名的朋友的統(tǒng)一，再招50人躲撰。
我們已經(jīng)開展了一次熱身課程和兩次課程（均有錄屏）针贬，接下來是要講到GO和KEGG注釋與富集分析。
而富集結(jié)果的可視化拢蛋，終于在TBtools新的繪圖引擎更新（得益于課題組所需瀏覽器的開發(fā)）之后桦他，可以非常方便的實(shí)現(xiàn)。故谆棱，我花了幾個(gè)小時(shí)的時(shí)間完成了其功能實(shí)現(xiàn)和GUI的接口開放快压。
GO 和 KEGG 的 富集分析
其實(shí)最普遍的操作，只是一個(gè)超幾何分布的檢驗(yàn)垃瞧，更或者說蔫劣，使用Fisher's Exact。TBtools很早就支持GO 和 KEGG的富集分析个从，以下僅展示使用的文件脉幢，而不會(huì)涉及這些文件的獲取（因?yàn)橥F(xiàn)在大多數(shù)公司均提供非常廉價(jià)的分析服務(wù)嗦锐，結(jié)題報(bào)告中有這些信息）嫌松。
GO 富集分析
需要準(zhǔn)備三個(gè)文件
-
GO的層級(jí)結(jié)構(gòu)文件，即go-basic.obo奕污，可直接從網(wǎng)站上下載萎羔，點(diǎn)擊摁鈕即可跳轉(zhuǎn)
obo文件下載 -
GO注釋的背景信息，query2Go.backGround碳默，這個(gè)文件一般需要先通過GO注釋獲得外驱，或者直接從公司的結(jié)題報(bào)告中整理獲得育灸，大體格式如下
GO注釋背景示例圖 -
選擇集，如差異表達(dá)基因的ID列表昵宇，或者通過韋恩圖分析獲得的ID列表磅崭，如
選擇集列表
準(zhǔn)備好文件之后，直接使用TBtools即可瓦哎，點(diǎn)擊Start摁鈕砸喻，等到完成富集分析
富集分析結(jié)構(gòu)信息比較多，如果沒有接觸過的朋友蒋譬，可直接只查看.final.xls文件
完成了富集分析割岛，那么我們就可以對(duì)富集分析結(jié)果進(jìn)行可視化
非常快犯助，在點(diǎn)擊Start之后癣漆，就會(huì)彈出
這個(gè)對(duì)話框中，幾乎所有元件都可以按照分組統(tǒng)一調(diào)整剂买，包括字體惠爽，大小，顏色等...隨后可以保存為SVG或者PDF等矢量圖
KEGG富集分析...
已經(jīng)過了14點(diǎn)30分了瞬哼，差不多要去果園采荔枝了估計(jì)，就先不寫了坐慰。
寫在后面
最近我報(bào)名了8月份在成都的全國植物基因組學(xué)會(huì)議较性，由于學(xué)校報(bào)賬制度的問題结胀，似乎無法請(qǐng)款用于參會(huì)赞咙。故糟港，
歡迎各位朋友打賞，多多益善
