發(fā)簡信
IP屬地：河北
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生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時候吠昭，我們經(jīng)常需要對所研究的基因/蛋白質(zhì)進行聚類分組客扎，逐個類群探究蛋白功能。創(chuàng)建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件...
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生信步驟|EffectorP批量預測病原物效應子EffectorP軟件利用機器學習原理啤覆，通過事先收集已知的效應子制備訓練集苍日，從而實現(xiàn)病原真菌和卵菌的效應子預測[1]。 EffectorP發(fā)展史...
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生信步驟|原核生物基因組注釋--Prokka
全基因組注釋是鑒定生物基因組特征的過程窗声。Prokka是一個適用于原核生物基因組注釋工具相恃，可以注釋細菌，古菌和病毒基因組笨觅。Prokka在預測基因組...
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生信步驟｜MAFFT結(jié)合HMMER進行多序列比對和基于隱馬模型的基因搜索蛋白質(zhì)都是由相似的小型結(jié)構(gòu)域組成的拦耐。如果我們有若干個已知的蛋白序列，那我們就可以根據(jù)這些蛋白序列比較其含有的保守域见剩，尋找在蛋白數(shù)據(jù)庫中上是否也有...
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生信步驟|轉(zhuǎn)錄組mRNA數(shù)據(jù)的有參組裝轉(zhuǎn)錄組的組裝能夠提供豐富的組學信息杀糯，是生物信息學中重要的基礎(chǔ)步驟。測序的下機數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾苍苞，比對固翰，排序，組裝羹呵，最終得到轉(zhuǎn)錄本的全部序列信息骂际。下面我...
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生信步驟|kmc+genomescope進行基因組調(diào)查在組裝未知基因組時，往往需要利用重測序數(shù)據(jù)提前進行基因組調(diào)查担巩，以獲取其基因組規(guī)模方援，雜合率，重復序列比例涛癌，GC含量等信息犯戏。從而更好地擬定后繼測序策...
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每周文獻|小麥白粉病擴展與全球貿(mào)易人類活動與病原物的擴散息息相關(guān)。馴化和育種事件會加速病原物群體擴張拳话。小麥白粉病是由白粉病真菌(Blumeria graminis f. sp. ...
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遺傳統(tǒng)計|MSMC推斷群體歷史動態(tài)Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC)是一種利用馬爾可夫模型推斷群體動態(tài)歷史和群體結(jié)...
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每周文獻|馬鈴薯泛基因組揭示進化歷史馬鈴薯是全球性的重要作物先匪，目前商業(yè)種植主要采用的是同源四倍體馬鈴薯塊莖，運輸和種植都多有不便弃衍。因此如果能使用二倍體馬鈴薯種子種植將會降低種植成本...
個人介紹
中科院遺傳發(fā)育所在讀博士呀非，研究水稻。關(guān)注植物免疫和群體遺傳進化镜盯，經(jīng)常摸魚學生信岸裙。同名CSDN分享代碼，歡迎圍觀~