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2024-04-08-創(chuàng)建單細(xì)胞對(duì)象將創(chuàng)建對(duì)象的過(guò)程記錄 比較有用的代碼就是 參考 Seurat 4.0 | 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)整合(scRNA-seq integration)[h...
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2023-09-13-SCENIC 踩坑全記錄-第一篇下載數(shù)據(jù)： 1. 網(wǎng)站地址: https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/old/[h...
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2023-09-11 如何用R語(yǔ)言讀取gtf文件 （RStudio）1.將 gtf 文件下載好之后上傳到RStudio-Server。 或者在自己的電腦上就直接讀取就行侦啸。gtf 如圖所示我下載的是v43版本的基因...
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2023-Linux系統(tǒng)下Conda Miniconda 安裝以及最新的鏡像源匯總之前用了一段時(shí)間簡(jiǎn)書幻林，發(fā)現(xiàn)廣告巨多稽荧，之后便很久沒(méi)有用過(guò)了，現(xiàn)在來(lái)記錄一個(gè)東西。首先推薦一個(gè)插件：Adblock Plus 現(xiàn)在進(jìn)入正題 一、Mi...
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2023-07-14 將文獻(xiàn)中復(fù)制的內(nèi)容去除換行符變成一行方便閱讀1.前言 已經(jīng)發(fā)表的文獻(xiàn)常常為了方便閱讀芍阎， 排版的時(shí)候經(jīng)常會(huì)在一頁(yè)就變成兩欄，這在我們想翻譯的過(guò)程中是非常不方便的缨恒。因?yàn)槲野俣攘艘粋€(gè)方法并親身實(shí)...
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2023-05-23-寫個(gè)函數(shù) 一鍵完成細(xì)胞亞群提取及Harmony分析
1.寫個(gè)函數(shù) 2.具體用法 這里只針對(duì)細(xì)胞亞群分析好后谴咸，需要對(duì)其中的某一亞群進(jìn)行細(xì)致分析。例如成纖維細(xì)胞骗露、巨噬細(xì)胞岭佳、淋巴細(xì)胞、髓系細(xì)胞等等萧锉。 2...
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2023-05-21-單細(xì)胞 KEGG選取特定通路的基因集做GSVA分析事先聲明珊随，這是隨筆，著重記錄思路驹暑、踩坑以及解決過(guò)程玫恳，以記錄自己的學(xué)習(xí)和之后可能需要復(fù)現(xiàn)。 首先推薦閱讀幾篇教程优俘，以了解需要做什么： Pathwa...
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2023-05-21-scRNA之GSVA SCORE的熱圖形式展現(xiàn)(GSVA可視化，pheatmap掀序，癌癥通路)對(duì)于熱圖帆焕，之前有畫過(guò)，但當(dāng)時(shí)對(duì)于繁多的arguements了解的不是很清楚，但是今天在微信公眾號(hào)上找到了一篇真正的保姆級(jí)教程叶雹，講的非常的詳細(xì)２萍ⅰ！...
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單細(xì)胞富集分析-一網(wǎng)打盡(GO.KEGG.GSVA.GSEA)這里記錄一下自己對(duì)單細(xì)胞對(duì)象做富集分析時(shí)的過(guò)程以及所用的代碼折晦，以免下次重頭再找钥星，非常麻煩。 參考文獻(xiàn)：?jiǎn)渭?xì)胞各個(gè)亞群基因按照平均表達(dá)量排序后gs...