IP屬地：廣西
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vscode 中 python 沒有智能提示解決方案vscode 中提供智能提示的方法有很多亡资，其一就是自己編輯用戶snippets，其二就是下載使用別人寫的snippets插件。而我們使用pyth...
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基因家族分析
CAFE4 1.生成cds文件以及pep文件 2.orthofinder 比對，建樹：orthofinder 比對的兩個(gè)文件用于后續(xù)分析：Spe...
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JCVI
共線性分析 輸入文件 序列文件和注釋文件：序列文件默認(rèn)只能輸入cds文件（尾綴cds）,注釋文件（尾綴bed）。--dbtype=DBTYPE ...
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MCScanX一.基本使用 輸入文件： 運(yùn)行命令： 這個(gè) gff 文件需要將兩個(gè)物種的GFF文件 cat 到一起 結(jié)果將會得到兩個(gè)文件：file.collin...
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DRIMM 鑒定多個(gè)物種共有區(qū)塊
挖掘多物種之間共有區(qū)塊 1.orthofinder 獲取 Orthogroups.tsv 文件 2.獲取物種之間的拷貝數(shù)(查文獻(xiàn)或ks分析) 3...
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重復(fù)基因鑒定原理
Gene duplication and evolution in recurring polyploidization–diploidizat...
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orthofiner
一. 使用 一般命令 這個(gè)命令會使用系統(tǒng)可以使用的全部線程進(jìn)行后續(xù)分析 一些參數(shù) 中途運(yùn)行的參數(shù) 使用 -b 參數(shù)時(shí)，在 OrthoFinder...
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時(shí)間樹基因序列中的密碼子隨著時(shí)間的推移以幾乎恒定的比例進(jìn)行替換，具有恒定的演化速率豆胸，因此兩個(gè)物種的遺傳距離與物種分歧時(shí)間成正比。序列比對時(shí)巷疼，我們通常會...
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KaKs計(jì)算
一.基本步驟 ParaAT.pl 計(jì)算得到 file.axt 文件晚胡，如果加上 -k 參數(shù)，就會使用KaKs_Calculator的MA方法來計(jì)算...