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時隔2年甲脏，我竟然又來搜索這個問題眶熬，并且解決了之后才發(fā)現(xiàn)，這個原來是我自己的帖子块请。娜氏。。贸弥。
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術文檔與博客臣疑，需要你的參與盔憨。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學習者、愛好者以及相關編程人員加入本專題讯沈，貢獻你的文字，無論是原創(chuàng)還是筆記缺狠，我們需要你驯用，將本專題打造為生信知識寶庫、交流平臺儒老。 內容可以是對生物信息學與算法知識相關資源的收集蝴乔、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計 * 計算生物學 * 各類算法 * 機器學習
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@臨窗聽風雨 您好挖腰，很感謝您回復我，我的時間是包括了msa比對的练湿，另外我想問您一個問題猴仑，和之前有讀者問您的很像，cuda out of memory，batch_size是默認的1,報錯是RuntimeError: CUDA out of memory. Tried to allocate 7.86 GiB (GPU 0; 23.70 GiB total capacity; 12.40 GiB already allocated; 491.69 MiB free; 21.51 GiB reserved in total by PyTorch)疾渣，測試蛋白是沒問題的，試過改windows和shift大小崖飘，換行去掉榴捡，還是不行，于是我換了新機器朱浴，40GB的A100吊圾，只是改了機器，其他啥也沒變翰蠢，但是還是報錯项乒，RuntimeError: CUDA out of memory. Tried to allocate 22.08 GiB (GPU 0; 39.59 GiB total capacity; 15.49 GiB already allocated; 18.31 GiB free; 19.38 GiB reserved in total by PyTorch)梁沧，我實在搞不明白為什么輸入沒變需要的顯存還變大了檀何，請問您有什么建議嗎，我自己的想法是我的輸入序列太長了（1283個氨基酸趁尼，當我刪減到900多個的時候就能跑出來）埃碱，但是我覺得我用的都是實驗室的服務器猖辫，可以說配置很好酥泞，不至于1200就跑不出來吧
RoseTTAFold-蛋白質預測的“平凡之路”
在個人筆記本win10自帶子linux系統(tǒng)下啃憎，運行基于CPU運算的RoseTTAFold 避開uniref30芝囤、BFD這兩個超大數(shù)據(jù)包的下載及解壓 提供便捷的pyRosett...
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@臨窗聽風雨 您好辛萍，我有些問題想請教您悯姊，關于rosettafold的速度，我在很多報道中（比如這篇https://blog.csdn.net/hs6605015/article/details/119062777）看到稱贩毕，RoseTTAFold只需要一塊RTX2080顯卡悯许，就能在10分鐘左右計算出400個氨基酸殘基以內的蛋白質結構。然而我使用24GB的RTX3090辉阶，卻要花費50分鐘完成example下pyrosetta版本的運行先壕，我想知道關于速度您有什么建議給我嗎，我需要提高速度達到報道的那個量級垃僚，（試著改了您說的network/predict_pyRosetta.py，但是貌似沒有很大的用）
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