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重生之我在劍橋大學(xué)學(xué)習(xí)單細(xì)胞RNA-seq分析——3. 單細(xì)胞分析中的R/Bioconductor簡介（1）
3.1 安裝包3.1.1 CRANCRAN是最大的R包庫秉氧。除了成功構(gòu)建和安裝之外洁仗，上傳包的要求很少验靡，因此文檔和支持通常很少栅干，而弄清楚如何使用這些...
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重生之我在劍橋大學(xué)學(xué)習(xí)單細(xì)胞RNA-seq分析——2. scRNA-Seq原始測序數(shù)據(jù)處理（2）2.3 基于液滴的scRNA-seq數(shù)據(jù)的比對和定量2.3.1 一般注意事項(xiàng)單細(xì)胞RNA測序數(shù)據(jù)在許多方面與bulk RNA測序不同按傅。大多數(shù)sc...
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重生之我在劍橋大學(xué)學(xué)習(xí)單細(xì)胞RNA-seq分析——2. scRNA-Seq原始測序數(shù)據(jù)處理（1）2.1 參考基因組及其注釋大多數(shù)scRNA-seq實(shí)驗(yàn)都是使用人類或小鼠組織照棋、類器官或細(xì)胞培養(yǎng)物進(jìn)行的晤愧。盡管這些基因組的初稿大約在20年前就已發(fā)...
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重生之我在劍橋大學(xué)學(xué)習(xí)單細(xì)胞RNA-seq分析——1. 單細(xì)胞RNA測序介紹（2）1.4 轉(zhuǎn)錄本定量轉(zhuǎn)錄本定量有兩種類型：全長和片段化衷敌。全長方法試圖實(shí)現(xiàn)整個(gè)轉(zhuǎn)錄本的統(tǒng)一read覆蓋勿侯，而片段化的方法僅捕獲5’或3’端。量化方法的...
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重生之我在劍橋大學(xué)學(xué)習(xí)單細(xì)胞RNA-seq分析——1. 單細(xì)胞RNA測序介紹（1）最近發(fā)現(xiàn)了一門劍橋大學(xué)的單細(xì)胞RNA-seq分析課程缴罗，讀過之后覺得講得非常全面助琐，將單細(xì)胞RNA-seq分析的前世今生講得非常透徹，因此與大家共享...
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Seurat V5更新了啥面氓？（下）我們額外選取了兩個(gè)10x小鼠腦單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集兵钮，來測試V4與V5在數(shù)據(jù)整合上的差異。 V4使用IntegrateData函數(shù)進(jìn)行多樣本的整合舌界，...
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Seurat V5更新了啥掘譬？（中）本期我們將繼續(xù)探究Seurat V4與V5的差異。接下來我們在兩個(gè)版本中分別對數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化呻拌、降維葱轩、聚類等操作。使用SCTransform對單細(xì)...
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Seurat V5更新了啥？（上）
Satijia實(shí)驗(yàn)室在2023年11月發(fā)布了Seurat軟件的V5版本靴拱，作為目前使用最廣泛的單細(xì)胞組學(xué)數(shù)據(jù)分析工具的一次重大版本更新垃喊，Seura...
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單細(xì)胞ATAC數(shù)據(jù)的兩種讀取方式（下）
本期我們將來介紹如何使用Signac讀入單細(xì)胞ATAC數(shù)據(jù)。Signac是由Seurat同一團(tuán)隊(duì)開發(fā)的用于分析單細(xì)胞染色質(zhì)數(shù)據(jù)的R包袜炕，能夠分析包...