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R語言實(shí)現(xiàn)Alpha多樣性指數(shù)的計(jì)算
R語言實(shí)現(xiàn)Alpha多樣性指數(shù)的計(jì)算 上次我們已經(jīng)使用R語言來對(duì)OTU表的抽平分析，那么我們?nèi)绾问褂贸槠胶蟮腛TU表來重新計(jì)算Alpha多樣性呢...
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R語言計(jì)算多樣性指數(shù)的平均值和方差R語言計(jì)算多樣性指數(shù)的平均值和方差 在16s RNA高通量測(cè)序后法精，我們經(jīng)常要對(duì)樣本進(jìn)行Alpha多樣性指數(shù)分析多律，所以經(jīng)常要計(jì)算Alpha多樣性指...
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R語言實(shí)現(xiàn)OTU表的抽平分析
R語言實(shí)現(xiàn)OTU表的抽平分析 好久沒有更新文章了，抱歉搂蜓，今天我們先來講一下抽平狼荞。相信大家平常在16s RNA 測(cè)序后，一般都會(huì)對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)劃分后生...
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非約束排序4 對(duì)應(yīng)分析（CA）
第五章 非約束排序4 對(duì)應(yīng)分析（CA） 1. 對(duì)應(yīng)分析概述 對(duì)應(yīng)分析（correspondence analysis帮碰，CA）是分析物種有-無或多...
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Alpha多樣性指數(shù)求標(biāo)準(zhǔn)差及平均值
Alpha多樣性指數(shù)求標(biāo)準(zhǔn)差及平均值 現(xiàn)在使用高通量測(cè)序技術(shù)來對(duì)微生物群落來進(jìn)行測(cè)序分析已經(jīng)發(fā)展很多年了相味，在論文中經(jīng)常有使用到Alpha多樣性來...
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ggplot2繪制-堆疊柱形圖參數(shù)細(xì)講
ggplot2繪制-堆疊柱形圖參數(shù)細(xì)講 昨天我們主要說了如何使用群落微生物的物種屬水平豐度表來繪制堆疊柱形圖。但是昨天沒有對(duì)ggplot2來繪制...
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繪制堆疊柱形圖（ggplot 2）使用群落微生物物種豐度表數(shù)據(jù)
群落微生物物種豐度表-繪制堆疊柱形圖（ggplot 2） 今天我們先來講一下如何利用細(xì)菌群落的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)來繪制堆疊柱形圖來展示不同樣品中優(yōu)勢(shì)...
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非約束排序3 主成分分析（PCA）-基于Hellinger轉(zhuǎn)化的數(shù)據(jù)以及其他內(nèi)容第五章 非約束排序3 主成分分析（PCA）-基于Hellinger轉(zhuǎn)化的數(shù)據(jù)以及其他內(nèi)容 由于前幾天電腦被我搗鼓壞了殉挽，今天才修好丰涉，所以這幾天就沒...
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非約束排序2 主成分分析（PCA）第五章第五章 非約束排序2 主成分分析（PCA） 今天我們來學(xué)習(xí)一下賴江山老師的《數(shù)量生態(tài)學(xué)：R語言的應(yīng)用 第二版》第五章的正式內(nèi)容了拓巧，今天主要講的是...