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RPKM/FPKM/TPM在RNA-seq分析中的標準化流程在RNA-seq的分析中，需要對基因或者轉錄本的read counts數(shù)進行標準化過程释移。因為落在一個基因區(qū)域內的read counts取決于基因...
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從TCGA數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)
從TCGA數(shù)據(jù)庫中下載數(shù)據(jù)的方法有多種，常用的方法有：1.從TCGA官網直接下載（數(shù)據(jù)量小的話可行，數(shù)據(jù)量太大就pass）2.用TCGA官方工具...
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數(shù)據(jù)挖掘20210115學習筆記富集分析：GO籽懦、KEGG id轉換：bitr() 輸入數(shù)據(jù)：差異基因的entrezid财骨；所有基因的entrezid KEGG GO 處理GEO數(shù)...
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數(shù)據(jù)挖掘20210114學習筆記GEO數(shù)據(jù)挖掘 圖表介紹 1.熱圖 ·輸入數(shù)據(jù)是數(shù)值型矩陣\數(shù)據(jù)框·顏色的變化表示熟知的大小 2.散點圖和箱線圖 箱線圖：輸入數(shù)據(jù)是一個數(shù)值型向...
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數(shù)據(jù)挖掘20210112學習筆記
tidyr 核心函數(shù) 一、數(shù)據(jù)清理 扁變長(gather-spread) 長變扁 二锈津、分割和合并(separate-unite) 分割 合并 三...
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數(shù)據(jù)挖掘20210111學習筆記R語言作圖 低級繪圖函數(shù)建立在高級繪圖函數(shù)基礎上呀酸，不能單獨使用 ggplot2語法 1.入門級繪圖模板2.映射-顏色、大小琼梆、透明度性誉、形狀3.分面...
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數(shù)據(jù)挖掘20210108學習筆記函數(shù) 函數(shù)與參數(shù) (1)形式參數(shù)與實際參數(shù) (2)寫函數(shù)的函數(shù) function(){ } (3)默認參數(shù)：作者會設計很多參數(shù)，但只有前1~n個...
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數(shù)據(jù)挖掘20210107學習筆記數(shù)據(jù)結構 Vector向量—一維 Matrix矩陣—二維 矩陣：長度相同茎杂、數(shù)據(jù)類型相同错览；數(shù)據(jù)框：長度相同、數(shù)據(jù)類型可以不相同 List列表 列表...
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數(shù)據(jù)挖掘20210105學習筆記對單個向量進行的操作 （1）賦值給一個變量名煌往，用“=”或“<-” （2）簡單數(shù)學計算 （3）根據(jù)某條件進行判斷倾哺，生成邏輯值向量 （4）初級統(tǒng)計 ...