歡迎關(guān)注"生信修煉手冊"！ GATK4 對于體細(xì)胞突變和生殖細(xì)胞突變的檢測分別給出了對應(yīng)的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNV...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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GATK4 最佳實踐-生殖細(xì)胞突變的檢測與識別
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annovar 注釋
重新用annovar注釋：先轉(zhuǎn)換適合的文件格式： 再下載適合的數(shù)據(jù)庫文件：下載指令如下： 下載的數(shù)據(jù)庫： 數(shù)據(jù)庫文件來源 https://annovar.openbioinf...
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【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】featureCounts軟件中的length是怎樣計算的是己？
分析過程 以rela基因為例任柜，featureCounts結(jié)果文件“all.id.txt”中提供的信息為： 接下來用R語言進(jìn)行分析:1. 提取featureCounts結(jié)果中的...
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討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門階段摔认，我們不需要考慮太多的細(xì)節(jié)宅粥，只用知道一個分析的大致流程并完整跑下來即可。太多的細(xì)節(jié)粹胯，只會讓我們對于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無關(guān)緊要“細(xì)節(jié)就被我們刻...
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轉(zhuǎn)錄組分析進(jìn)階這是我聽孟浩巍知乎LiveB站鯪魚不會飛視頻（轉(zhuǎn)錄組分析進(jìn)階課程）里的筆記哦~ 本次知乎Live解決的問題： 轉(zhuǎn)錄組的建庫與質(zhì)量控制 人類基因組與轉(zhuǎn)錄組組成 轉(zhuǎn)錄組的2種建庫...
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轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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高通量測序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（零）：NGS分析如何選擇合適的參考基因組和注釋文件前言 現(xiàn)有比對工具在做mapping之前驼修，都需要下載對應(yīng)物種的參考基因組做index，而如何選擇合適的參考基因組是一件非常重要的事情乙各。 現(xiàn)有的參考基因組存儲網(wǎng)站三個：ENSE...
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高通量測序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（二）：Read Counts的提取
high-throughput seq analysis急先鋒——HTSeq的使用介紹 在所有物是人非的景色里饵溅，我最中意你妇萄。 正體 HTSeq作為一款可以處理高通量數(shù)據(jù)的py...
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RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實戰(zhàn)練習(xí)
前言 這次給大家?guī)淼氖?6年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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R: biomaRt獲取Ensembl基因組信息導(dǎo)讀 用biomaRt獲取ensembl數(shù)據(jù)庫各物種基因染色體位置信息。 R包地址 biomaRt：https://m.ensembl.org/info/data/bioma...
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Fastp：過濾二代測序數(shù)據(jù)導(dǎo)讀 Fastp能檢測和去除adapter，PE序列overlap區(qū)堿基矯正豫领，slide window修剪頭尾抡柿，polyG/X尾修剪等恐，UMI預(yù)處理洲劣。多功能合一，速度快课蔬，結(jié)果好...
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使用fastp進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件筝闹，接觸這個軟件也是由于目前市場的軟件各有功能但是功能都不是很全腥光，譬如最近接觸到一個RNAseq數(shù)據(jù)关顷，質(zhì)量較差，需要去除接頭而且含N較多议双，序列...
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【點】count聋伦、RPM夫偶、RPKM、FPKM觉增、TPM
為什么需要標(biāo)準(zhǔn)化 標(biāo)準(zhǔn)化的主要目的是去除測序數(shù)據(jù)的技術(shù)偏差：測序深度和基因長度。 #測序深度：一個片段測了幾遍 #測序覆蓋度：測序片段匹配到目標(biāo)區(qū)域的百分比 測序深度：測序深...
