clean.core.tree.newick是core.full.aln刪除奇怪字符替換為N后得到clean.core.aln畫(huà)的進(jìn)化樹(shù)钞螟，是根據(jù)與ref比對(duì)上的所有snp位點(diǎn)進(jìn)行的進(jìn)化分析，這樣理解應(yīng)該應(yīng)該是沒(méi)有錯(cuò)的吧
那么run_gubbins.py -p gubbins clean.full.aln這一步有一的樹(shù)生成，gubbins.final_tree.tre這個(gè)樹(shù)是什么意思呢，有具體的進(jìn)化分析意義嗎汗盘？
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....