南京大學(xué)生物學(xué)板惑，佛系更新~
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：陜西
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— ggraph 圖形創(chuàng)建與布局前言 在前面幾節(jié)耘眨，我們對(duì) igraph 進(jìn)行了一些簡(jiǎn)單介紹。接下來(lái)我們要介紹的是 ggraph 包的使用 通常翼闽，ggraph 會(huì)和 tidygraph 一起搭配使用倦零，這兩個(gè)包...
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時(shí)間趨勢(shì)分析和差異表達(dá)什么關(guān)系，用別的包做
DEseq2差異表達(dá)分析
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)繞不過(guò)差異分析即供。為什么選擇這兩個(gè)包呢定拟？DEseq2針對(duì)有生物學(xué)重復(fù)的樣本。（一般情況下應(yīng)該是都需要生物學(xué)重復(fù)的）edgeR對(duì)于單個(gè)樣本是比較好的募狂。（但是細(xì)胞材料真的...
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可以用round函數(shù)取整
DEseq2差異表達(dá)分析
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)繞不過(guò)差異分析办素。為什么選擇這兩個(gè)包呢角雷？DEseq2針對(duì)有生物學(xué)重復(fù)的樣本。（一般情況下應(yīng)該是都需要生物學(xué)重復(fù)的）edgeR對(duì)于單個(gè)樣本是比較好的性穿。（但是細(xì)胞材料真的...
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@jlyq617 謝謝
RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)
Kallisto下游推薦的分析軟件是Sleuth勺三，所以我們本次介紹如何使用Sleuth進(jìn)行相關(guān)的分析。 RNA-seq在完成轉(zhuǎn)錄本的鑒定及定量后需曾，我們經(jīng)常做的分析之一就是差異...
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請(qǐng)問(wèn) 我想要計(jì)算fold change 是使用sleuth_geneexp文件里的數(shù)值嗎吗坚，還是kallisto結(jié)果文件里的tpm值
RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)
Kallisto下游推薦的分析軟件是Sleuth，所以我們本次介紹如何使用Sleuth進(jìn)行相關(guān)的分析呆万。 RNA-seq在完成轉(zhuǎn)錄本的鑒定及定量后商源，我們經(jīng)常做的分析之一就是差異...
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請(qǐng)問(wèn)，得到的sleuth_matrix的里的文件里的值是什么谋减？計(jì)算fold change 使用這個(gè)里面的值 還是上游軟件得到的tpm 這些 我是新手牡彻，對(duì)這里不太了解，希望能回復(fù)
使用salmon和sleuth進(jìn)行小麥RNA-seq差異表達(dá)分析
blast大家一定熟悉吧, 最近有大神爆出一個(gè)bug出爹。也即參數(shù)“-max_target_seqs”并不是你理解的那樣庄吼。下圖紅色箭頭處是NCBI上的設(shè)置選項(xiàng)。根據(jù)NCBI的官方...