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基因家族鑒定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond挠唆、hmmer搜索同源蛋白本文章將介紹 ①類blast軟件blast酷窥、mmseqs懒棉、diamond嚣伐、hmmer的比較 ②blast哭廉、mmseqs、diamond距贷、hmme...
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機器學(xué)習(xí)-有監(jiān)督學(xué)習(xí)-分類算法-K最近鄰法(KNN)-原理柄冲、Python和R應(yīng)用基本原理 首先放一張各大網(wǎng)站用爛的圖 KNN的基本思想是比較簡單的，就是假設(shè)我們有紅色和藍色得到數(shù)據(jù)點储耐，然后我們新加入一個綠色點羊初，根據(jù)綠色點最近...
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機器學(xué)習(xí)-無監(jiān)督學(xué)習(xí)-主成分分析(PCA)-數(shù)學(xué)原理、應(yīng)用以及Python和R實現(xiàn)數(shù)學(xué)原理簡要說明 基本原理 PCA所做的事情實際上是將多維的數(shù)據(jù)降維到一個更低的維度什湘，但同時保證數(shù)據(jù)之間盡可能的分開长赞，而衡量這個分散程度的標準就...
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根據(jù)Knumbers注釋爬取KEGG對應(yīng)KO號和pathway name
背景 手頭有KEGG對應(yīng)各個基因的注釋文件（注釋可以參考KAAS注釋流程)，但沒有對應(yīng)的KO號闽撤，需要得到相應(yīng)的KO號做富集分析 Python s...
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Genomic Data Science- JHU Course 4 Algorithm for DNA Sequencing 筆記Introduction 此課程是Coursera上得哆，John Hopkins University 的 Genomic Data Scienc...
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Genomic Data Science- JHU Course 2 Genomic Data Science with Galaxy 筆記Introduction Galaxy是一個公開的基因組學(xué)分析平臺，包含了一系列流程化分析工具哟旗，針對質(zhì)控贩据、組裝、注釋以及包括Chip-seq闸餐、R...
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Genomic Data Science- JHU Course 1 Introduction to Genomic Technologies 筆記課程頁面 右上角是我google賬戶名稱 地址： 這個第一個課饱亮，Data Science那邊可以著重了解下，其他沒什么太大的重要性舍沙。 順便說下近上，...
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Hyphy，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件拂铡，使用指北
近幾年來壹无，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多，雖然不及paml感帅，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注斗锭。首先相比paml，hyphy有以下...
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寫個zsh腳本(主要是awk)合并gff失球，去除gff中的重疊區(qū)域
問題背景 大致是這樣岖是，假如你用一堆注釋軟件然后用不同物種得到了一堆不同的gff，那這些gff肯定是有重疊的实苞，對于注釋信息gff來說只需要保留ge...