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tidyverse是一個連貫的數(shù)據(jù)包操作系統(tǒng)，用于數(shù)據(jù)操作瓶埋，探索和可視化，具有共同的設(shè)計理念拓瞪。這些主要是由Hadley Wickham自己開發(fā)的灌侣，但現(xiàn)在正由幾個貢獻(xiàn)者擴(kuò)展侥涵。T...

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3.1人類微生物組數(shù)據(jù)研究的主題和統(tǒng)計假設(shè) 目前的微生物組研究主要有兩個主題：(1)描述微生物組特征與生物褥傍、遺傳儡嘶、臨床或?qū)嶒灄l件之間的關(guān)系喇聊；(2)確定與微生物組組成相關(guān)的潛在...

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2.1 微生物組數(shù)據(jù) 微生物組數(shù)據(jù)是通過16SrRNA基因測序和宏基因組測序產(chǎn)生的恍风。生物信息學(xué)工具包括QIIME和MOTHUR。例如，在對原始序列進(jìn)行預(yù)處理之后朋贬，有兩種方式可...

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10.1 Introduction to Compositional Analysis（成分分析導(dǎo)論） ①什么是成分?jǐn)?shù)據(jù)虐骑？ 根據(jù)韋伯斯特第二版新大學(xué)詞典，作文是“將部分或元素...

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在進(jìn)行回歸分析時赎线，通常都是考察多個X對Y的影響廷没，但有時復(fù)雜的研究也會涉及研究多個X對多個Y的影響，尤其是數(shù)據(jù)存在當(dāng)自變量存在多重共線性問題時垂寥，普通的多元線性回歸無法很好的解決...

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導(dǎo)讀 主成分分析（principal component analysis颠黎，PCA）是將多個變量通過線性變換以選出較少個數(shù)重要變量的一種多元統(tǒng)計分析方法，是常用的數(shù)據(jù)降維手段...

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其實不論是PCoA還是PCA圖均是用散點圖來展示結(jié)果PCoA和PCA的結(jié)果滞项，PCoA和PCA準(zhǔn)確來講是數(shù)據(jù)降維分析方法狭归。順便值此佳節(jié)，祝福各位和“科研”都能夠擁有幸福時光和美...

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?在分析腸道微生物數(shù)據(jù)中文判，一般會對數(shù)據(jù)進(jìn)行一定的轉(zhuǎn)換过椎，以使數(shù)據(jù)盡可能的服從正態(tài)分布。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...

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大學(xué)的時候潭流，我的《概率論和數(shù)理統(tǒng)計》這門課一共掛過3次，而且我記得最后一次考過的時候剛剛及格柜去，只有60分灰嫉。你可以想象我的《概率論》這門課學(xué)的是有多差了。后來嗓奢，我工作以后讼撒，在學(xué)...

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簡介 寬數(shù)據(jù)：寬數(shù)據(jù)是比較常用的數(shù)據(jù)收集與儲存樣式，第一行一般是表頭數(shù)據(jù)股耽，表示觀測項目名字根盒，如溫度、pH物蝙、風(fēng)速等炎滞。每一列包含所觀測到的數(shù)據(jù)。 長數(shù)據(jù)：長數(shù)據(jù)是分析繪圖中可能會...

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一般來說诬乞，PCA分析2個圖夠了册赛，以iris數(shù)據(jù)為例钠导，在經(jīng)過PCA分析后，我們可以得到第一章碎石圖森瘪，表示PC1牡属，2，3扼睬，4的特征向量值逮栅，可以據(jù)此選擇保留的主成分（通常選擇特征向...

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T檢驗 在做微生物群落分析時經(jīng)常要尋找不同群落之間的差異窗宇，我們會經(jīng)常關(guān)心兩個或者多個群落之間是否顯著不同措伐。就兩個微生物群落間的比較，T檢驗是最常用的方法之一军俊。 本次推文主要內(nèi)...

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一废士、多樣性指數(shù)介紹 多樣性指數(shù)：是指物種多樣性測定。 主要有三個空間尺度：α多樣性蝇完，β多樣性官硝，γ多樣性。 每個空間尺度的環(huán)境不同測定的數(shù)據(jù)也不相同短蜕。 α多樣性：主要關(guān)注局域均...