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WGS分析筆記（7）—— 新的mapping工具開始之前特別感謝從美國“人肉背回”這兩個軟件的小伙伴！@Olivia阿儀_鴉雀 之前講過目前用的比較多的兩個二代測序基因組比對軟件池磁，bwa 和 ...
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批量可視化fastp輸出結(jié)果fastp是一個非常方便的基因組數(shù)據(jù)處理軟件平窘，之前在質(zhì)控的環(huán)節(jié)就有用到它。 這個軟件比較方便的地方就是對于處理前后的數(shù)據(jù)情況會輸出一個可視化的網(wǎng)...
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ACMG指南解讀筆記（1）- PVS1
? 白紙黑字跌榔，還有中文版异雁，其實也沒啥好看不懂的，讀懂它理解它并沒有那么難僧须，而我想的是怎么去實現(xiàn)它纲刀，限于本人專業(yè)水平有限，若有錯誤還請包容担平。 ...
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ACMG指南解讀筆記（0）- 定個小目標
好久沒有更新內(nèi)容示绊，照理來說對于call出來的SNVs/INDELs，下一步的工作就是篩選了暂论，一般的篩選方式大體會有這些步驟： 保留數(shù)據(jù)庫中已報道...
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搬遷決定
2020年7月27日。 有人后臺留言我之前搭的主頁進不去了空另，那個不知道為什么就是很慢而且經(jīng)常有問題盆耽。 我決定今天開始重新整理原來的章節(jié)，把原來理...
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WGS分析筆記（5）—— annotation?? 在找到很多變異以后（本文具體指的是snv以及indel）扼菠，我們需要做的就是進行注釋了摄杂，這是因為無論WGS還是WES，都會call出大量的變...
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WGS分析筆記（4）—— Call SNVs/indels??最近一直忙期末匯報和腳本編寫循榆，沒來的及接著往下寫文章析恢，年前把這一塊寫了，然后再往下的分析流程就比較特異性了秧饮，做一步寫一步那種映挂，相對于這種已經(jīng)...
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WGS分析筆記（3）—— bam文件的處理??上一篇記錄了mapping這一步的軟件選擇泽篮，也講到了對于sam文件如何考慮MAPQ的過濾，這篇我主要想記錄一下bam文件在進行call va...
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fastqc的線程與速度測試
??上一篇文章寫了bowtie2和bwa的比較柑船，發(fā)完之后立刻被師姐批評指正了帽撑，然后師姐又給我補充了一個知識，就是不同軟件都有它的最佳線程數(shù)鞍时，不是...
個人介紹
復(fù)旦大學研究生在讀亏拉，方向：神經(jīng)疾病，基因組學逆巍，郵箱：shiyuant@outlook.com及塘，文章完整系列個人主頁：tongshiyuan.github.io