在RNA-seq或芯片數(shù)據(jù)下游分析中經(jīng)常遇到需要將基因表達(dá)矩陣行名的ensembl_id ( gene_id ) 轉(zhuǎn)換為gene symbol(gene_name)的情況，而...
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ensembl_id轉(zhuǎn)換與gene symbol基因名去重復(fù)的兩種方法 -
ID轉(zhuǎn)換專題之在線版1：biomart:ensembl_ID to gene name在線版本 線上數(shù)據(jù)庫做注釋和ID轉(zhuǎn)換ensembl ID轉(zhuǎn)成gene symbol name ensembl的biomart http://asia.ensembl.org/...
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5、RNAseq(5)--reads count(htseq-count)與基因注釋（bioMart）理論基礎(chǔ) 在上篇的比對(duì)中阎抒，我們需要糾結(jié)是否真的需要比對(duì)酪我，如果你只需要知道已知基因的表達(dá)情況，那么可以選擇alignment-free工具（例如salmon, sailfish...
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利用Ensembl中的BioMart將Ensembl ID轉(zhuǎn)換為Gene Name1.使用瀏覽器搜索ensembl挠蛉，點(diǎn)擊Ensembl genome browser 104 2.點(diǎn)擊上方工具欄中的BioMart祭示，選擇數(shù)據(jù)集(這里選Ensembl Genes...
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生信學(xué)習(xí)-GEO數(shù)據(jù)庫ID轉(zhuǎn)換本文主要學(xué)習(xí)自b站混跡天然大佬[https://www.bilibili.com/read/cv14560979]以及每天都在進(jìn)步的FFOO[https://www.jian...
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GEO代碼片段(芯片差異分析及繪圖）
1.讀入保存的表達(dá)矩陣數(shù)據(jù) 2.獲取GPL文件并注釋 3.數(shù)據(jù)檢驗(yàn)和質(zhì)控 4.聚類圖和PCA圖 5.差異分析 6.基因篩選 7.繪制火山圖 8.繪制熱圖
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GEO數(shù)據(jù)庫視頻學(xué)習(xí)筆記（差異分析、可視化稠歉、GSEA）筆記回顧：1.GEO數(shù)據(jù)庫視頻學(xué)習(xí)筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀汝！）2.GEO數(shù)據(jù)庫視頻學(xué)習(xí)筆記（ID轉(zhuǎn)換）3.GEO數(shù)據(jù)庫視頻學(xué)習(xí)筆記（了解你的表達(dá)矩陣） 這一講的視頻地址是：...
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小鼠基因探針注釋轉(zhuǎn)錄組測(cè)序目前主要有兩種形式，RNA-seq和microarry怒炸。這兩種技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)在GEO數(shù)據(jù)庫中都有很多带饱，其中RNA-seq的數(shù)據(jù)大多是已經(jīng)注釋過的symbol為行名的...
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