擬時(shí)（pseudotime）分析晾嘶，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程娶吞，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程 -
江湖路遠(yuǎn)绣夺，且行且吟
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你好吏奸，請教一個(gè)問題，對于非10x的數(shù)據(jù)讀取有什么講究嗎陶耍。因?yàn)榻?jīng)常要么是讀不進(jìn)去奋蔚，要么讀進(jìn)去不是想要的矩陣，即行基因列細(xì)胞
盲人摸象--single cell sequencing的Seurat學(xué)習(xí)--詳細(xì)版
只有下水才會(huì)學(xué)會(huì)游泳烈钞，今天我想下水了泊碑。首先本人對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)的處理一無所知产上，但看過一些單細(xì)胞測序的文章，有一些R語言基礎(chǔ)和跑過一些RNA-seq上游分析的經(jīng)驗(yàn)蛾狗，流程是跑過但...
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解壓后有3個(gè)文件晋涣，后綴分別是mtx_cols，mtx以及mtx_rows沉桌。這種怎么讀呢谢鹊，我發(fā)現(xiàn)讀進(jìn)去都不是正常的矩陣（行基因，列細(xì)胞）
（二）單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之?dāng)?shù)據(jù)質(zhì)控與歸一化
如果大家沒有自己的數(shù)據(jù)或者沒有選到合適的數(shù)據(jù)集的話留凭，可以直接拿示例數(shù)據(jù)（10X官網(wǎng)演示數(shù)據(jù)）就行了佃扼。10X官網(wǎng)里多個(gè)演示數(shù)據(jù)：https://support.10xgenom...
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怎么判斷下載的矩陣該用read table，csv或者M(jìn)M呢蔼夜，后綴并不準(zhǔn)我發(fā)現(xiàn)兼耀。還有就是不是10x的數(shù)據(jù)，矩陣也是直接讀取不需要什么處理嗎
（二）單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之?dāng)?shù)據(jù)質(zhì)控與歸一化
如果大家沒有自己的數(shù)據(jù)或者沒有選到合適的數(shù)據(jù)集的話求冷，可以直接拿示例數(shù)據(jù)（10X官網(wǎng)演示數(shù)據(jù)）就行了瘤运。10X官網(wǎng)里多個(gè)演示數(shù)據(jù)：https://support.10xgenom...
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免疫學(xué)碩士一枚～<br>生信熱愛者但是小白一枚~<br>目前成就為0~<br>加油哦韭山，一大波成就正在路上啦~<br>啾~豬莎要加油哦~
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心年柠，又辜負(fù)了努力
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周運(yùn)來，男洁桌，長大了才會(huì)遇到的帥哥渴丸，穩(wěn)健，瀟灑，大方谱轨，靠譜戒幔。一段生信緣，一棵技能樹土童。生信技能樹核心成員诗茎，單細(xì)胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者献汗，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家敢订。
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單細(xì)胞亞群鑒定知多少（一）
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：angelica 引言 隨著單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)展，獲得單細(xì)胞數(shù)據(jù)越來越成為可能罢吃，隨著單細(xì)胞數(shù)據(jù)的增多楚午，單細(xì)胞亞群的鑒定越來越成為單細(xì)胞分析的一個(gè)關(guān)鍵的...
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如何定義亞群矾柜，有詳細(xì)的方法嗎？cellmarker數(shù)據(jù)也不怎么多
單細(xì)胞好文1--Tracing tumorigenesis in a solid tumor model at single-cell resolution
前言 我在2019年3月份寫過一篇這樣的文章（一文讀懂scRNA-Seq）到底要花多久時(shí)間才能看懂一套單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)結(jié)果就谜？怪蔑，并在文末許諾，對PPT感興趣的小伙伴可以留言詢要P...
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不做空間轉(zhuǎn)錄組是怎么把亞群定位到解剖的吁伺？只通過免疫熒光嗎
單細(xì)胞好文1--Tracing tumorigenesis in a solid tumor model at single-cell resolution
前言 我在2019年3月份寫過一篇這樣的文章（一文讀懂scRNA-Seq）到底要花多久時(shí)間才能看懂一套單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)結(jié)果饮睬？租谈，并在文末許諾篮奄，對PPT感興趣的小伙伴可以留言詢要P...
