記錄學(xué)習(xí)<br>
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RDA理論有點(diǎn)太難了，看不懂晴股，還有其他好辦法理解RDA嗎
數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記||冗余分析（RDA）概述
冗余分析（redundancy analysis，RDA）是一種回歸分析結(jié)合主成分分析的排序方法肺魁，也是多響應(yīng)變量（multiresponse）回歸分析的拓展电湘。從概念上講，RD...
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數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記||冗余分析（RDA）概述冗余分析（redundancy analysis鹅经，RDA）是一種回歸分析結(jié)合主成分分析的排序方法寂呛，也是多響應(yīng)變量（multiresponse）回歸分析的拓展。從概念上講瘾晃，RD...
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數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記||冗余分析（RDA）上一節(jié)數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記||冗余分析（RDA）概述中贷痪，我們回顧了RDA的計(jì)算過(guò)程，不管這個(gè)過(guò)程我們有沒(méi)有理解透徹蹦误，我希望你能知道的是：RDA是響應(yīng)變量矩陣與解釋變量之間多元多重線...
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數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記||典范排序概述
起了個(gè)大早做這張導(dǎo)圖劫拢，不知道會(huì)不會(huì)嚇到大家肉津。有一周沒(méi)有更新我們的《數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記》了，因?yàn)檫@一章還是蠻有難度的舱沧，書(shū)中就是說(shuō)這一章我們來(lái)講典范排序阀圾，然后就直接講RDA了」钒Γ看RD...
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成立于2016年7月分俯，趙國(guó)屏生物信息實(shí)驗(yàn)室目前主要從事人群微生物組，微生物基因組進(jìn)化和臨床微生物流行病學(xué)的生物信息學(xué)分析哆料，包括基因組數(shù)據(jù)的管理缸剪、基因組的比較和進(jìn)化分析、微生物組數(shù)據(jù)的機(jī)器學(xué)習(xí)和微生物流行病學(xué)模型的應(yīng)用东亦。
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R使用筆記: scatterplot with confidence ellipses;envfit的實(shí)現(xiàn)及釋意筆記內(nèi)容：用ggplot2繪制scatterplot with confidence ellipsesenvfit的R實(shí)現(xiàn)及釋意用ggpubr繪制scatterplot wi...
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數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記||非約束排序|NMDS非度量多維尺度分析（Non-metric multidimensional scaling,NMDS）是間接梯度分析方法杏节，其基于距離或不相似矩陣產(chǎn)生排序。與嘗試最大化排序中的...
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組間差異檢驗(yàn)典阵，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗(yàn)奋渔？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗(yàn)，應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)上的假設(shè)檢驗(yàn)方法壮啊，檢驗(yàn)組間是否有差異及其差異程度嫉鲸。坦率地講，所有的差異檢驗(yàn)都基于一個(gè)假設(shè)：組間沒(méi)有差異歹啼，變量之...
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用實(shí)際行動(dòng)支持一下大神
終于玄渗，我也出了篇R語(yǔ)言入門(mén)手冊(cè)！
1 什么是R語(yǔ)言R語(yǔ)言是一個(gè)開(kāi)源的數(shù)據(jù)分析環(huán)境狸眼，起初是由數(shù)位統(tǒng)計(jì)學(xué)家建立起來(lái)藤树，以更好的進(jìn)行統(tǒng)計(jì)計(jì)算和繪圖，這篇wiki中包含了一些基本情況的介紹拓萌。由于R可以通過(guò)安裝擴(kuò)展包（P...
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終于岁钓，我也出了篇R語(yǔ)言入門(mén)手冊(cè)！1 什么是R語(yǔ)言R語(yǔ)言是一個(gè)開(kāi)源的數(shù)據(jù)分析環(huán)境微王，起初是由數(shù)位統(tǒng)計(jì)學(xué)家建立起來(lái)甜紫，以更好的進(jìn)行統(tǒng)計(jì)計(jì)算和繪圖，這篇wiki中包含了一些基本情況的介紹骂远。由于R可以通過(guò)安裝擴(kuò)展包（P...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從OTU table到marker物種筆記內(nèi)容：由二代測(cè)序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（.fastq）到OTU table囚霸， 距離矩陣，物種多樣性指數(shù)激才，序列的進(jìn)化樹(shù)及物種注釋信息的可分析數(shù)據(jù)拓型，為常規(guī)分析流程额嘿。可以使用usear...
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用ggtree畫(huà)進(jìn)化樹(shù)Visualizing and Annotating Phylogenetic Trees with R+ggtreefacet_plot: a general soluti...
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大神劣挫，怎么得到的tree【tree <- read.tree("species.tree")册养，就是這里的樹(shù)】
用ggtree畫(huà)進(jìn)化樹(shù)
Visualizing and Annotating Phylogenetic Trees with R+ggtreefacet_plot: a general soluti...
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@周運(yùn)來(lái)就是我 隱藏太多技能??
2019第02周：省
其實(shí)每周都有很多的事情劫灶，有的在意料之中金砍，有的在意料之外诚欠，凡是發(fā)生的都有他的道理鲁僚。發(fā)現(xiàn)成年人的世界里面趁舀，是有對(duì)與錯(cuò)的许赃，只有小孩子才不用講對(duì)錯(cuò)凫海，因?yàn)樗麄冇兄恢睂?duì)的權(quán)利禁舷。 做事也...
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機(jī)器學(xué)習(xí)實(shí)戰(zhàn)||機(jī)器學(xué)習(xí)簡(jiǎn)介又要開(kāi)始新的旅程了拦键。 這一次是大名鼎鼎的《機(jī)器學(xué)習(xí)實(shí)戰(zhàn)》谣光。在2018年10月20日著手寫(xiě)《環(huán)境與生態(tài)統(tǒng)計(jì)：R語(yǔ)言應(yīng)用》的時(shí)候，就想過(guò)這本書(shū)了芬为，那個(gè)時(shí)候真的不敢寫(xiě)萄金，覺(jué)得時(shí)間還沒(méi)...
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優(yōu)秀的大神
2019第02周：省
其實(shí)每周都有很多的事情，有的在意料之中媚朦，有的在意料之外氧敢，凡是發(fā)生的都有他的道理。發(fā)現(xiàn)成年人的世界里面询张，是有對(duì)與錯(cuò)的福稳，只有小孩子才不用講對(duì)錯(cuò)，因?yàn)樗麄冇兄恢睂?duì)的權(quán)利瑞侮。 做事也...
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2019第02周：省其實(shí)每周都有很多的事情的圆，有的在意料之中，有的在意料之外半火，凡是發(fā)生的都有他的道理越妈。發(fā)現(xiàn)成年人的世界里面，是有對(duì)與錯(cuò)的钮糖，只有小孩子才不用講對(duì)錯(cuò)梅掠，因?yàn)樗麄冇兄恢睂?duì)的權(quán)利。 做事也...
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三元相圖怎么看怎么畫(huà)（附R代碼示例）什么是三元相圖 三元圖是重心圖的一種店归，它有三個(gè)變量阎抒，但需要三者總和為恒定值。在一個(gè)等邊三角形坐標(biāo)系中消痛，圖中某一點(diǎn)的位置代表三個(gè)變量間的比例關(guān)系且叁。在群體遺傳學(xué)中，它被稱做Fin...
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周運(yùn)來(lái)欺矫，男，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥展氓，穩(wěn)健穆趴，瀟灑，大方遇汞，靠譜未妹。一段生信緣，一棵技能樹(shù)空入。生信技能樹(shù)核心成員络它，單細(xì)胞天地供稿人，簡(jiǎn)書(shū)創(chuàng)作者执庐，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
