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性染色體的鑒定（GATK4）寫在前面 性別被稱為“進(jìn)化生物學(xué)問(wèn)題的皇后”莹妒，一直是生命科學(xué)領(lǐng)域中最具吸引力和最熱門研究方向之一篇亭。而有性生物其性染色體的解析是性別研究的基礎(chǔ)攘乒，這...
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De novo組裝#08 | 基因組組裝評(píng)估寫在前面 基因組組裝完成后啄清，我們需要對(duì)我們組裝好的基因組進(jìn)行一個(gè)質(zhì)量評(píng)估粹排，質(zhì)量評(píng)估主要從連續(xù)性（continuity）空另，完整性（complete...
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De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic漾岳，3d-dna）寫在前面 初始組裝經(jīng)過(guò)基因組糾錯(cuò)（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上莹桅，使其由contig/scaffold級(jí)別...
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De novo組裝#06 | Scaffolding和gap filling
基于三代測(cè)序reads進(jìn)行Scaffold構(gòu)建以及補(bǔ)洞gap filling昌执，我這里只有一種三代測(cè)序數(shù)據(jù)CLR，這里就先不做了诈泼，而且我看文章做這...
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De novo組裝#05 | 基因組糾錯(cuò)polish（racon+pilon, nextpolish）寫在前面 在進(jìn)行染色體掛載之前一般對(duì)得到的 "primary assembly"（主要組裝/初始組裝結(jié)果）進(jìn)行進(jìn)一步的優(yōu)化仙蚜，以減少錯(cuò)誤，提高基因...
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De novo組裝#04 | 基因組去冗余（purge_dups）寫在前面 冗余序列的產(chǎn)生和多種因素有關(guān)厂汗，如 CLR 的測(cè)序錯(cuò)誤，基因組自身的雜合性和重復(fù)序列的影響等等呜师，purge_dups軟件能根據(jù)read深...
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De novo組裝#03 | 基因組拼接（flye, wtdbg2, mecat2, canu）寫在前面 前面兩篇文章De novo組裝#01 | 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控（fasqc+fastp）[http://www.reibang.com/p/...
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De novo組裝#02 | 基因組survey (jellyfish+GenomeScope2)基因組Survey 是對(duì)基因組的大小娶桦、雜合情況進(jìn)行評(píng)估。我們de novo組裝一個(gè)物種的基因組之前汁汗，一般要對(duì)所測(cè)物種基因組大小有一個(gè)估計(jì)衷畦，以便后...
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De novo組裝#01 | 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控（fasqc+fastp）fastqc查看數(shù)據(jù)基本情況 1#安裝fastqc課題組超算已安裝的fastqc報(bào)錯(cuò)，在自己目錄下新建一個(gè)software目錄用于安裝相應(yīng)的軟件...