一、β多樣性分析的概念 Beta多樣性指的是樣本間多樣性。在腸道菌群分析中，Beta多樣性是衡量個體間微生物組成相似性的一個指標(biāo)干发。通過計算樣本間距離可以獲得β多樣性計算矩陣，...
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16s—β多樣性分析（R畫三維PCoA圖） -
R語言進(jìn)行PCoA分析
#PCoA 分析在R語言中進(jìn)行主要依賴于以下得包，進(jìn)行這個分析得主要可以應(yīng)用于形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)得相似與差異性分析辟犀。 library(ade4) library(ggplot2) l...
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R可視化：組間微生物代謝通路前言 組間微生物富集代謝通路常用reporter score表示堂竟，在得到reporter score結(jié)果后，我們常需要可視化其結(jié)果玻佩。 Importing data Funct...
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組間差異分析：Metastats
文章來自公眾號：微生態(tài)與微進(jìn)化 Anosim出嘹、Adonis、MRPP等基于群落的組間差異分析可以快速的對分組的有效性進(jìn)行評估咬崔。然而税稼，有時候我們還想進(jìn)一步知道不同區(qū)組的微生物群...
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菌群宏基因組分析能解答哪些科學(xué)問題烦秩？
更多案例分享： 菌群多樣性分析能解答哪些科學(xué)問題？[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s/o...
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LEfSe尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 前面介紹過網(wǎng)頁版LEfSe的使用方法：用LEfSe尋找組間差異細(xì)菌[http://www.reibang.com/p/35e3f725c554]郎仆。今天學(xué)習(xí)命令行版的L...
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組間差異檢驗(yàn)只祠，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗(yàn)？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗(yàn)扰肌，應(yīng)用統(tǒng)計學(xué)上的假設(shè)檢驗(yàn)方法抛寝，檢驗(yàn)組間是否有差異及其差異程度。坦率地講曙旭，所有的差異檢驗(yàn)都基于一個假設(shè)：組間沒有差異盗舰，變量之...
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生信岭皂、AI、大數(shù)據(jù)沼头、育種爷绘。MiyuanBiotech
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低級生物信息工程師土至。<br>僅限于學(xué)習(xí)交流用途，請勿打賞猾昆！<br>
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GeNets：發(fā)表在nature上的基因組分析網(wǎng)站平臺工具2018年6月Nature Methods上發(fā)表了一篇關(guān)于機(jī)器學(xué)習(xí)分析特定基因集內(nèi)部關(guān)系工具的文章陶因，簡單來說就是，通常我們做了差異基因分析得到一個基因集合垂蜗，然后會用GO/KE...
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R數(shù)據(jù)可視化: PCA和PCoA圖, 2D和3D前言 主成分分析(Principal Components Analysis楷扬，PCA)，也稱主分量分析或主成分回歸分析法贴见，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法烘苹。PCA通過線性變換將原始...
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ggplot2繪制堆積柱狀圖R語言用ggplot2繪制堆積柱狀圖遇到的問題（y軸順序、facet_wrap分面順序）- 需要將名稱因子化 1片部、用ggplot2繪制菌的堆積柱狀圖時镣衡，y軸的順序是按照菌屬的...
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ggplot2添加p值和顯著性數(shù)據(jù)可視化分析中我們經(jīng)常需要進(jìn)行數(shù)據(jù)間的統(tǒng)計分析，并進(jìn)行顯著性標(biāo)記档悠，雖然ggpur包被大佬吐槽制造混亂廊鸥，但在進(jìn)行顯著性標(biāo)記標(biāo)記方面也是有其可取之處。 下面主要展示ggpubr...
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ggplot2繪制Alpha多樣性指數(shù)圖經(jīng)過前面幾節(jié)的原始數(shù)據(jù)處理過程辖所，得到了可以用于分析的數(shù)據(jù)惰说，現(xiàn)在讓我們開始微生物組數(shù)據(jù)分析可視化的第一步，繪制Alpha多樣性指數(shù)圖奴烙，喜歡的小伙伴歡迎關(guān)注個人公眾號R語言數(shù)據(jù)分...
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ggplot2繪制物種組成圖本節(jié)我們來繪制微生物的物種組成圖助被；先通過phyloseq包整合數(shù)據(jù)剖张，之后利用MicrobiotaProcess包繪制門水平物種組成圖，最后通過ggplot2自定義繪制物種組成...
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公眾號 R語言數(shù)據(jù)分析指南，歡迎大家關(guān)注
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ggplot2繪制richness(物種豐富度)指數(shù)圖這一節(jié)我們來根據(jù)OTU表計算樣本的richness即豐富度指數(shù)丰滑，統(tǒng)計樣本中不為0的數(shù)目累加即可 點(diǎn)擊原文鏈接獲取數(shù)據(jù) richness(物種豐富度指數(shù)計算) 加載所需R包 計...
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ggplot2制作精美地圖本節(jié)我們使用伯克利氣候數(shù)據(jù)[https://www.kaggle.com/berkeleyearth/climate-change-earth-surface-tempera...
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跟著Nature Plants學(xué)作圖：R語言ggplot2畫分組折線圖和置信區(qū)間論文 The flying spider-monkey tree fern genome provides insights into fern evolution and ...
