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多種批次效應(yīng)去除的方法比較-轉(zhuǎn)自生信技能樹
多種批次效應(yīng)去除的方法比較 原創(chuàng) 生信技能樹 前面我在生信技能樹推文：你確定你的差異基因找對了嗎？ 提出了文章的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的60個樣品并沒有按照毒品上癮與否這個表型來區(qū)分点晴，而...
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remote: Support for password authentication was removed on August 13, 2021. Please use a personal...
今天去拉git代碼發(fā)現(xiàn)一個問題remote: Support for password authentication was removed on August 13, 20...
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使用oncoPrint繪制瀑布圖殺殺生信分析中醋奠，我們在全基因組測序后會獲得分子突變譜信息猿挚，如何直觀地將各種疾病分子亞型下的基因突變特征伞访，以及分子共突變/互斥突變的特征展示出來呢？ 我們可以使用R語言中一個非...
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maftools畫瀑布圖（oncoplot）什么是瀑布圖 這種由麥肯錫顧問公司所獨創(chuàng)的圖表類型没讲，因為形似瀑布流水而被稱之為瀑布圖( Waterfall Plot)眯娱。瀑布圖具有自上而下的流暢效果，也可以稱為階梯圖（Cas...
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生信軟件安裝神器 Mamba [conda加速器~]簡介[#toc_0] Mamba是在c++中對conda的重新實現(xiàn),可以認(rèn)為是更高級的conda爬凑。有以下特點使用多線程并行下載數(shù)據(jù)和package困乒，實現(xiàn)更高效的安裝libso...
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轉(zhuǎn)錄組分析進(jìn)階這是我聽孟浩巍知乎LiveB站鯪魚不會飛視頻（轉(zhuǎn)錄組分析進(jìn)階課程）里的筆記哦~ 本次知乎Live解決的問題： 轉(zhuǎn)錄組的建庫與質(zhì)量控制 人類基因組與轉(zhuǎn)錄組組成 轉(zhuǎn)錄組的2種建庫...
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survminer | 生存分析及其可視化survminer的基礎(chǔ)用法指南 本文全部代碼及示例數(shù)據(jù)領(lǐng)取：公眾號后臺回復(fù)surv領(lǐng)取贰谣。 生存分析是將事件的結(jié)果和出現(xiàn)這一結(jié)果所經(jīng)歷的時間結(jié)合起來分析的一類統(tǒng)計分析方法。不...
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(免費教程+代碼)|跟著Cell學(xué)作圖系列合集(免費教程+代碼)|跟著Cell學(xué)作圖系列合集 “實踐是檢驗真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)迁霎≈ǜВ”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)生信的最好辦法】剂” DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032[...
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生存分析理論基礎(chǔ)及代碼實踐在腫瘤研究中往往需要分析一些事件（如死亡秘豹、復(fù)發(fā)）的時間是否與一些因素相關(guān)，像這樣數(shù)據(jù)輸出為事件和時間的分析稱為生存分析昌粤。因為刪失數(shù)據(jù)的存在既绕，讓生存分析不能用許多常規(guī)的數(shù)據(jù)分布...
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【R>>survminer】生存分析+best-sep腫瘤研究中，生存分析是逃不掉的一關(guān)袱讹，如果用R語言進(jìn)行分析疲扎，survminer包是必備的法寶，下面就共同學(xué)習(xí)下survminer包的Cheat Sheet吧。 變量含義： ti...
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文獻(xiàn)閱讀-nomogram文章（二）Title: Development and validation of a prognostic nomogram for HIV/AIDSpatients who und...
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“高明之家椒丧，鬼瞰其室”今天讀到了一句話：“高明之家壹甥，鬼瞰其室”，其意思是那些富貴顯達(dá)的人家壶熏，會遭到鬼的窺視句柠，總有一天會遭殃的。 其實哪里有鬼在窺視棒假，是人不知道謙卑溯职，總覺得自己聰明絕頂、手眼通天淆衷，損...
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生存分析（Survival analysis）的總結(jié)整理
生存分析(Survival analysis)是指根據(jù)試驗或調(diào)查得到的數(shù)據(jù)對生物或人的生存時間進(jìn)行分析和推斷碉输，研究生存時間和結(jié)局與眾多影響因素間關(guān)系及其程度大小的方法，也稱生...
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從官網(wǎng)上下載TCGA數(shù)據(jù)不知從TCGA下了多少次數(shù)據(jù)了亭珍，每次都像失憶了一樣重新研究……果然凡事都該動筆記下來 TAT本次以肝癌數(shù)據(jù)為例操作系統(tǒng)：MAC OS 1. 登陸TCGA網(wǎng)站 https://...
