發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：云南
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桑基圖——不同系統(tǒng)發(fā)育框架比較寫(xiě)畢業(yè)論文的時(shí)候老板提到要用一張圖表示分類(lèi)系統(tǒng)的變化腋妙，于是像到用赏Э伲基圖來(lái)呈現(xiàn)這個(gè)變化的過(guò)程幕庐，具體操作步驟如下（越來(lái)越不喜歡寫(xiě)注釋了，大家將就著看...
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DiscoVista安裝
DiscoVista是一個(gè)可視化多物種樹(shù)的軟件家淤，由python2編寫(xiě)异剥；大家在安裝的時(shí)候可以單獨(dú)構(gòu)建一個(gè)python2的環(huán)境。 下載安裝包 安裝r...
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基因流檢測(cè)軟件Dsuite安裝教程
Dsuite軟件的網(wǎng)站在Github上絮重，GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patter...
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BUSCO安裝
之前有小伙伴反應(yīng)說(shuō)是BUSCO很難安裝冤寿，這里我們使用mamba來(lái)進(jìn)行安裝歹苦，首先安裝mamba 成功！然后開(kāi)始安裝busco督怜， 成功殴瘦！記得每次使用...
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統(tǒng)計(jì)單拷貝直系同源基因頻率
在進(jìn)行單拷貝直系同源基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)之前，我們會(huì)將一些出現(xiàn)頻率比較低的單拷貝直系同源基因過(guò)濾掉号杠，這就需要先統(tǒng)計(jì)頻率了蚪腋，這個(gè)腳本使用find函數(shù)...
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合并單拷貝直系同源基因
當(dāng)我們提取完所有的單拷貝直系同源基因之后，需要把所有物種的同個(gè)基因復(fù)制到同一個(gè)fasta文件中姨蟋，因此屉凯，寫(xiě)下了這個(gè)代碼，其中g(shù)ene_list.t...
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給系統(tǒng)樹(shù)的物種修改名稱(chēng)
構(gòu)建完系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)后芬探，根據(jù)需要有些情況下需要對(duì)物種名稱(chēng)重命名神得，這個(gè)python腳本就是可以將rename.list中的對(duì)應(yīng)名稱(chēng)替換到tree中。
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統(tǒng)計(jì)序列的基礎(chǔ)信息
在把序列合并起來(lái)以后偷仿，如果要用于建樹(shù)的話(huà)哩簿，一般在此之前建議看一下序列的常規(guī)指數(shù)，比如序列的長(zhǎng)度酝静、序列的配對(duì)相似度节榜、序列的有效信息位點(diǎn)、還有序列的...
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對(duì)BUSCO的結(jié)果進(jìn)行總結(jié)
平時(shí)我們對(duì)每個(gè)基因組做了BUSCO别智，但是官方提供的畫(huà)圖代碼很難用宗苍，所以決定自己提取出BUSCO的結(jié)果并進(jìn)行畫(huà)圖，這一串代碼就可以批量從BUSCO...