IP屬地：湖北
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TF轉(zhuǎn)錄因子分析
1.用iTAK網(wǎng)站鑒定TF
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TE鑒定和分析
1.只要掛載到染色體的基因組序列和注釋gff文件 2.構(gòu)建index 3.EDTA
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二.基因組進(jìn)化樹構(gòu)建與分化時(shí)間估計(jì)
準(zhǔn)備文件： 1帘瞭，化石標(biāo)定的物種關(guān)系樹 （參考已發(fā)表的文獻(xiàn)） 改名為input.tree2焰宣，mcmctree.ctl文件 記得修改里面的樹文件沃粗，序...
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Orthofinder聚類
準(zhǔn)備號(hào)含有所有蛋白序列的文件夾
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種內(nèi)共線性分析
共線性片段是指一個(gè)同一個(gè)物種內(nèi)部或者兩個(gè)物種之間，由基因組復(fù)制喘鸟、染色體復(fù)制匆绣、大片段復(fù)制以及物種分化而產(chǎn)生的大片段同源現(xiàn)象。同源片段內(nèi)部基因排序保...
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circos圖
一什黑，安裝circos 二,數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 1崎淳，計(jì)算染色體長(zhǎng)度 2，生成染色體文件 7列 karyotype.txt 3, 生成窗口文件 每50k一個(gè)...
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解壓
1 .tar.gz使用tar命令進(jìn)行解壓 解壓到指定的文件夾 gz文件 解壓 gzip 命令 也可使用zcat命令愕把，然后將標(biāo)準(zhǔn)輸出 保存文件 ...
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uniq：去除重復(fù)
Linux 指令：怎樣從文件中找到重復(fù)行拣凹？1.例如有文件test1.txt，內(nèi)容如下： 執(zhí)行uniq -d恨豁，發(fā)現(xiàn)并沒有將重復(fù)行輸出嚣镜。原因是uni...
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RES-Scanner：RNA編輯位點(diǎn)的鑒定一.數(shù)據(jù)處理 1.得到exon.pos;3UTR.pos;5UTR.pos;repeat.pos文件 2.得到intron.pos文件 根據(jù)上述...