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Orthovenn2朝抖，搭建屬于你的比較基因組學(xué)利器寫(xiě)在前面 近期抽空基于OrthoVenn2給SapBase新增了一個(gè)比較基因組方面的模塊村斟。OrthoVenn2可對(duì)多物種全基因組直系同源基因簇比...
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搭建PrimerServer2之Web UI界面寫(xiě)在前面 引物設(shè)計(jì)幾乎是每個(gè)分子實(shí)驗(yàn)室的研究生必備的一項(xiàng)技能盟劫。目前让网，已經(jīng)有許多成熟的引物設(shè)計(jì)軟件供大家使用淋淀，如本地版的Primer5以及NCBI...
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Connected Papers馍驯，豐富你的知識(shí)儲(chǔ)備寫(xiě)在前面 近期考研分?jǐn)?shù)已經(jīng)公布吩抓，9月份在各個(gè)科研領(lǐng)域又將注入一大波新鮮的科研血液踩验。那么鸥诽，初入茅廬的研究生新生，該如何快速并精確地掌握一個(gè)研究領(lǐng)域...
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什么箕憾？牡借！聽(tīng)說(shuō)你還在用viroBlast搭建本地Blast網(wǎng)站？快換成美美噠SequenceServer袭异！寫(xiě)在前面 剛開(kāi)始整數(shù)據(jù)庫(kù)的時(shí)候钠龙，用過(guò)viroBlast搭建Blast服務(wù)，詳見(jiàn)用viroblast搭建本地blast網(wǎng)站 - 簡(jiǎn)書(shū) (jians...
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震驚Ｓ濉碴里！KEGG官方工具能夠完成任何物種的KEGG注釋！Ｉ险妗咬腋！寫(xiě)在前面 之前介紹過(guò)使用EggNOG-mapper對(duì)非模式物種快速完成KEGG注釋的推文https://mp.weixin.qq.com/s/k...
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初探GitBook寫(xiě)在前面 碩士期間在折騰某些分析的時(shí)候，就發(fā)現(xiàn)好些軟件的操作文檔都是用GitBook寫(xiě)的谷羞，并且掛到網(wǎng)上供用戶檢索與瀏覽帝火，實(shí)在是方便而又簡(jiǎn)潔好看 ...
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記錄NCBI下載基因組的大坑寫(xiě)在前面 最近分析的物種由于國(guó)外品種與國(guó)內(nèi)品種差異還是比較大，雖然大部分文章用的參考基因組都是以國(guó)外品種為主湃缎，但是由于考慮到目前我這邊數(shù)據(jù)幾乎全...
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下載公共測(cè)序數(shù)據(jù)的另一種姿勢(shì)（kingfisher）寫(xiě)在前面 一般在進(jìn)行公共測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘的時(shí)候犀填，需要從公共數(shù)據(jù)庫(kù)中（SRA、ENA嗓违、DDBJ等）下載自己所需的測(cè)序數(shù)據(jù)九巡。下載數(shù)據(jù)時(shí)，往往會(huì)遇到網(wǎng)速限...
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使用EGGNOG-Mapper對(duì)非模式物種快速進(jìn)行GO或KEGG注釋對(duì)于非模式物種蹂季，需要做GO或KEGG富集冕广，可以嘗試使用EGGNOG-Mapper來(lái)對(duì)你的物種序列進(jìn)行快速注釋。在注釋結(jié)果文件中偿洁，可以同時(shí)獲得序列...