IP屬地：福建
-
GPU加速二代測序比對（Deepvariant + GLnexus）
使用原有的BWA+GATK進行SNP calling存在嚴(yán)重的時長慢問題；無論是比對舰罚，還是gvcf calling，還是joint callin...
-
Cactus在現(xiàn)有比對中添加新物種
Preprocessor
-
基因組共線性分析繪圖
主要利用mummer和NgenomeSyn進行玷室，可以同時繪制多個基因組 首先準(zhǔn)備基因組文件（fasta）用于比對使用mummer4.0進行比對操...
-
PacBio 甲基化分析
PB甲基化流程（Revio和Sequel II）眾所周知俏扩，PacBio的下機數(shù)據(jù)是可以用于提取甲基化信息的花颗，顯示在BAM里就是ML和MM的tag...
-
ONT r10芯片甲基化分析攻略還發(fā)在https://github.com/gotouerina/GenomeMethPipeline[https://github.com...
-
基因組注釋 從頭預(yù)測到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/goto...
-
超快超省存儲的三維基因組分析方法三維互作這塊的兩大巨頭是juicer 和 hic-pro丈积，這兩個東西確實都很久了筐骇，一個基于BWA一個基于Bowtie。說實話個人很討厭這種把比對...
-
Nanopore甲基化提取2024
ONT甲基化下機數(shù)據(jù)是fast5格式江滨，比較大铛纬，先轉(zhuǎn)成pod5，提取和儲存更方便 先裝一個pod5唬滑，用pip 然后直接轉(zhuǎn)就行 轉(zhuǎn)完了用dorado...
-
maffilter告唆，被時代埋沒的比較基因組學(xué)工具
maffilter，看名字是一個過濾maf的工具间雀，實際上悔详，他比過濾MAF擁有更多的功能，甚至能構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹惹挟。 文章在2014年發(fā)表于BMC g...