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有兩種方法,先看比較簡單的一種: 結(jié)果: 第二種方法就比較復(fù)雜了蔫仙,需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件:一個(gè)是包含染色體長度的文件chr_length.txt...
1、RRBS簡介 RRBS即reduced representation bisulfite sequencing:第一步:使用MSPI內(nèi)切酶處...
1丐箩、加載需要的包 2摇邦、導(dǎo)入數(shù)據(jù) 我這里的數(shù)據(jù)其實(shí)就是一列基因名,是通過其它分析挑選出來的幾百個(gè)基因屎勘,想要看看這些基因是否能夠富集到某些特殊的通路...
數(shù)據(jù)格式如下: 若某個(gè)基因在某個(gè)樣本中既有deletion又有mutation則以;分隔 結(jié)果如下: 其中oncoPrint()中有些參數(shù)可選施籍,...
Blast 的運(yùn)行方式是先用目標(biāo)序列建數(shù)據(jù)庫(這種數(shù)據(jù)庫稱為database,里面的每一條序列稱為subject)概漱,然后用待查的序列(稱為...
https://academic.oup.com/nar/article/43/9/e61/1113203/multiSNV-a-probabi...
代碼如下(perl):