在發(fā)育過(guò)程中耻台，細(xì)胞會(huì)對(duì)刺激做出反應(yīng)，在整個(gè)生命過(guò)程中顽染，從一種功能性“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能性“狀態(tài)”。擬時(shí)序分析（pseudo-time）轰绵，它指...

前面我們說(shuō)過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不是真正的單細(xì)胞水平粉寞，每個(gè)spot會(huì)捕獲5-10個(gè)細(xì)胞，這樣每個(gè)spot里實(shí)際上可能存在幾種不同類型的細(xì)胞左腔。但是對(duì)于大...

好不容易拿到了自己的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)唧垦，心情激動(dòng)、躍躍欲試液样，想趕快去實(shí)施一下自己的idea振亮，可是又不會(huì)寫代碼，只能干等著鞭莽？當(dāng)然不是坊秸，其實(shí)你完全可以實(shí)...

前面介紹了利用Seurat對(duì)10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)單個(gè)樣本進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理撮抓、降維妇斤、聚類分析。今天來(lái)繼續(xù)分享怎么整合多個(gè)空間轉(zhuǎn)錄組樣本丹拯，同時(shí)進(jìn)行聚類和...

前面我們有介紹了利用10x Space Ranger軟件分析空間轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)得到可用于下游分析的矩陣和鏡像文件乖酬。今天來(lái)介紹一下怎么利用Spac...

最近死相，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究炙手可熱。細(xì)胞及其在組織樣本中的相對(duì)位置之間的關(guān)系對(duì)于理解疾病病理可能至關(guān)重要咬像∷愦椋空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一項(xiàng)開(kāi)創(chuàng)性的技術(shù)，它使科學(xué)家...

自己只做了幾個(gè)樣本的RNAseq測(cè)序或芯片县昂，發(fā)愁文章里沒(méi)有什么絢麗的圖片可放肮柜？別著急，我們可以把差異分析的基因拿來(lái)做基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析倒彰，通過(guò)繪制...

前面介紹了怎么一行命令完成RNAseq差異分析加作圖审洞，那如果我們已經(jīng)有自己重點(diǎn)關(guān)注的基因，并且想把這些基因在差異結(jié)果里展示出來(lái)怎么弄呢待讳？ 今天再...

今天來(lái)給大家分享的是：怎么一行命令完成RNAseq數(shù)據(jù)差異分析+火山圖+散點(diǎn)圖芒澜。 一仰剿、準(zhǔn)備3個(gè)文件： 1、基因表達(dá)count文件：gene_co...