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構(gòu)建核心基因組snp系統(tǒng)發(fā)育樹文章有了嗎
細(xì)菌全基因組測序數(shù)據(jù)構(gòu)建SNP系統(tǒng)發(fā)育樹
本次分析使用到的數(shù)據(jù)及數(shù)據(jù)處理流程參考文獻(xiàn)“https://doi.org/10.1186/s13756-018-0352-y[https://doi.org/10.1186...
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十個樣本怎么做
單細(xì)胞分析實錄(6): 去除批次效應(yīng)/整合數(shù)據(jù)
上一篇已經(jīng)講解了Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程，推文的最后巡雨，注意到了不同樣本之間的表達(dá)數(shù)據(jù)是存在批次效應(yīng)的纵隔，就像下圖這樣，有些是可以聚到一起的亞群嘹承，卻出現(xiàn)了不同樣本分開/偏移的情況窗价，比...
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仔細(xì)檢查就能發(fā)現(xiàn)問題
GEO數(shù)據(jù)庫挖掘—生信技能樹B站視頻
以下是B站生信技能樹GEO數(shù)據(jù)庫挖掘的課程筆記 主要內(nèi)容及學(xué)習(xí)目的： 介紹GEO數(shù)據(jù)庫：了解數(shù)據(jù)存放位置； 介紹GSE項目的3種下載方式叹卷； 介紹ID轉(zhuǎn)換：使用R語言技巧實現(xiàn)基...
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老師撼港，如果提取屬水平的結(jié)果，或者門骤竹。應(yīng)該如何寫代碼呢
MetaPhlAn2宏基因組物種注釋
導(dǎo)讀 上一篇介紹了MetaPhlAn：宏基因組微生物分類分析教程[http://www.reibang.com/p/015cbdb80ce1]帝牡，這次來學(xué)習(xí)MetaPhlAn...
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如何進(jìn)行分組展示呢？比如WT和diease
MetaPhlAn2宏基因組物種注釋
導(dǎo)讀 上一篇介紹了MetaPhlAn：宏基因組微生物分類分析教程[http://www.reibang.com/p/015cbdb80ce1]蒙揣，這次來學(xué)習(xí)MetaPhlAn...
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format_input.py這步出現(xiàn)：Traceback (most recent call last):
File "/home/xushuai/software/lefse-master/format_input.py", line 453, in <module>
class_sl,subclass_sl,class_hierarchy = get_class_slices(list(zip(cls['class'], cls['subclass'], cls['subject'])))
KeyError: 'subject'
怎么辦啊MetaPhlAn1宏基因組物種注釋
導(dǎo)讀 1 MetaPhlAn獲得宏基因組物種和物種豐度2 MetaPhlAn結(jié)果合并和可視化3 GraPhlAn繪制進(jìn)化樹4 LEfSe尋找分類biomarker并可視化5 ...
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您好靶溜，請問kraken2的輸出結(jié)果，如果后續(xù)用metaphlan進(jìn)行多樣本合并懒震，該怎么操作呢
病原微生物筆記-Taxonomy?分類流程解決?方案
Taxonomy 分類流程解決?方案 1.使?用Kraken2對其中的微?生物進(jìn)?行行物種注釋.Kraken2是?一個基于k-mer算法的?高精度宏基因組序列列分 類軟件罩息，能...
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老師，請教下个扰，kraken運行的結(jié)果使用-use-mpa-style轉(zhuǎn)換成map格式后瓷炮，是否可用metaphlan進(jìn)行多樣本合并呢
HUMAnN2 宏基因組分析 | 小白版
導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）進(jìn)行宏基因組學(xué)分析。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
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加上-use-mpa-style輸出的格式递宅，可以用metaphlan合并嗎
Kraken2+Bracken
1. 簡介 Kraken2是一個基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類軟件娘香，能夠快速的將測序reads進(jìn)行物種分類苍狰。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
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請問接下來如何可視化呢
【軟件安裝】---Nanopore官方開源軟件Centrifuge安裝和使用
前言：Nanopore的超讀長測序能在短時間內(nèi)產(chǎn)生海量數(shù)據(jù)，借助官方分析軟件Epi2Me茅主，可以直接進(jìn)行數(shù)據(jù)分析舞痰。但是Epi2Me是云端計算的，所以運行對網(wǎng)速的依賴比較大诀姚。為了...
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@godgmy 有
RNA-seq(9):功能富集分析
這部分開始進(jìn)行基本的富集分析响牛，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達(dá)值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有無差異赫段，需要全部genes...
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> barplot(ego_bp,showCategory = 18,title="The GO_BP enrichment analysis of all DEGs ")+
+ scale_size(range=c(2, 12))+scale_x_discrete(labels=function(ego_bp) + str_wrap(ego_bp,width = 25))
Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] : 更換參數(shù)長度為零
此外: Warning message:
In rep(yes, length.out = len) : 'x' is NULL so the result will be NULL
請問老師這是什么情況呢呀打？RNA-seq(9):功能富集分析
這部分開始進(jìn)行基本的富集分析，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達(dá)值糯笙，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有無差異贬丛，需要全部genes...
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Error in .testForValidKeys(x, keys, keytype, fks) :
None of the keys entered are valid keys for 'ENSEMBL'. Please use the keys method to see a listing of valid arguments.請問老師這是怎么回事RNA-seq(9):功能富集分析
這部分開始進(jìn)行基本的富集分析，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達(dá)值给涕，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有無差異豺憔，需要全部genes...
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請問老師有沒有提供原始數(shù)據(jù)和代碼，可以復(fù)現(xiàn)的文章够庙？
宏基因組分析流程
分析內(nèi)容如下圖所示： 具體分析步驟如下： 數(shù)據(jù)質(zhì)控恭应，使用 kneaddata 軟件， 該軟件先調(diào)用 Trimmomatic 過濾數(shù)據(jù)耘眨，然后利用 bowtie2 或 bmtag...
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老師昼榛，有提供原始數(shù)據(jù)和代碼的文章嗎
HUMAnN2 宏基因組分析 | 小白版
導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）進(jìn)行宏基因組學(xué)分析。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
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@小白菜學(xué)生信 老師剔难，如果想學(xué)習(xí)他的分析技術(shù)胆屿，他不提供代碼，就很難實現(xiàn)了偶宫。我以為好一點的文章都會提供代碼
EBioMedicine | 2型糖尿病患者首次治療前后腸道宏基因組學(xué)和宏蛋白質(zhì)組學(xué)明顯
文獻(xiàn)信息：標(biāo)題：Distinct gut metagenomics and metaproteomics signatures in prediabetics and tre...
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您好 請問文章提供代碼了嗎非迹？
EBioMedicine | 2型糖尿病患者首次治療前后腸道宏基因組學(xué)和宏蛋白質(zhì)組學(xué)明顯
文獻(xiàn)信息：標(biāo)題：Distinct gut metagenomics and metaproteomics signatures in prediabetics and tre...
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這好像不是宏基因組分析
2018-04-16 宏基因組實戰(zhàn)（二）—qiime2-2018.2數(shù)據(jù)導(dǎo)入(下機已經(jīng)分裝好的數(shù)據(jù))
在學(xué)習(xí)宏基因組的過程中，這個大神的中文翻譯可以讓你快速上手https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/78407438 ...