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GWAS-eQTL的共定位分析GWAS-eQTL的共定位分析出皇，聽起來是不是很高大上。當時自己也是不太清楚哗戈，還到處找教程郊艘，腳本什么的。但是都無果，好不容易找到一個纱注，折騰了半天安...
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MatrixEQTL-----eQTL分析
好久沒有發(fā)簡書了步做，去學習新技術(shù)新知識去了，實在是沒有時間Ｄ胃健全度！現(xiàn)在有點時間，記錄分享一下新知識~這段時間也是被這個eQTL搞得很頭疼斥滤，現(xiàn)在終于弄出...
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chopper---過濾和質(zhì)控你的測序reads
有些時候将鸵，我們得到的測序reads，長度超過了測序平臺的最長測序量或者說長度太短了不利于進行后續(xù)的組裝佑颇，例如：HiFi測序一般在15kb~20k...
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hicPro+EndHiC(二)染色體掛載
EndHic 想比較HiC-Pro顶掉，EndHic的安裝就簡單很多，就是下載即可用 EndHiC的安裝 要用到的腳本都在文件夾下挑胸，直接調(diào)用就行 怎...
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怎么去進行基因組的組裝有很多伙伴痒筒，都在進行基因組的組裝，但是具體需要干什么茬贵，從什么地方開始簿透，下一步又應(yīng)該做什么?并不是很了解。我用下面一份流程圖來簡單的說一下解藻，整個基...
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hicPro+EndHiC(一)染色體掛載
使用hicPro+EndHiC兩個軟件老充，對我們組裝得到的contig數(shù)據(jù)進行染色體的掛載，得到我們所需要的scaffold水平的基因組文件螟左。首先...
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flye的使用（基因組組裝）
軟件介紹 Flye 是一種用于單分子測序讀數(shù)（如 PacBio 和牛津納米孔技術(shù)公司生產(chǎn)的讀數(shù)）的從頭組裝器啡浊。它適用于各種數(shù)據(jù)集，從小型細菌項目...
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HiCUP(Hi-C User Pipeline)軟件介紹 HiCUP是一個處理由Hi-C和捕獲Hi-C（Capture Hi-C胶背，CHi-C）產(chǎn)生的測序數(shù)據(jù)的流程巷嚣，用于對HiC數(shù)據(jù)進行質(zhì)控（Q...
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基因組去冗余（二）在上一篇我們介紹了一種去冗余的方法http://www.reibang.com/p/f638ce6b7c8f,還有其他的基因組去冗余方法，可以...