發(fā)簡信
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python學(xué)習(xí)：同一GeneID對應(yīng)GO號排一行將GeneID與GO號一一對應(yīng)的兩列表格霞玄，轉(zhuǎn)換為同一GeneID對應(yīng)GO號排一行（如圖）详恼，主要使用字典悬赏、列表完成轉(zhuǎn)換茁肠。 代碼如下
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學(xué)習(xí)Linux的循環(huán): 批量blast
最常用的Linux循環(huán)應(yīng)該是for和while，記錄兩個(gè)直接輸入command的實(shí)例（輸出Ta開頭的所有文件名字）： 開始正片：使用同一個(gè)que...
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python學(xué)習(xí)：primer3-py批量設(shè)計(jì)引物
100天生信-Day11 最近一直在做濕實(shí)驗(yàn)张峰，需要大量設(shè)計(jì)引物恍风，發(fā)現(xiàn)primer3有python版本，可以批量設(shè)計(jì)磨总，簡直神器嗦明。 參考教程：htt...
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ChIP-seq之上游workflow
100天生信-Day10 記錄一下workflow
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ChIP-seq之fastp質(zhì)控+過濾
100天生信-Day9 所有高通量測序的下機(jī)數(shù)據(jù)一般都要進(jìn)行質(zhì)控，檢測數(shù)據(jù)質(zhì)量蚪燕，并去除低質(zhì)量reads娶牌。之前比較常用的是fastQC質(zhì)控 + c...
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R可視化之ggplot2繪制boxplot
100天生信-Day8 箱線圖繪制代碼記錄：
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ChIP-seq之samtools簡單命令
100天生信-Day7 ChIP-seq拉下來的reads經(jīng)過mapping生成.sam文件，sam文件使用samtools轉(zhuǎn)bam馆纳，再sort...
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R數(shù)據(jù)處理之長寬數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
100天生信-Day6 長數(shù)據(jù)和寬數(shù)據(jù)是滿足不同分析的兩種數(shù)據(jù)格式诗良，可以很方便用R的reshape2包轉(zhuǎn)換，代碼如下： 參考教程：https:/...
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ChIP-seq之MACS2進(jìn)行peakcalling
100天生信-Day5 ChIP-seq厕诡、ATAC-seq等需要在全基因組上找到特定位置的結(jié)合/切割/富集的高通量測序技術(shù)累榜，都需要進(jìn)行reads...