西澳大學生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學的挖掘<br><br>簡信不回答問題山卦，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
IP屬地：吉林
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一條小咸魚
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線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）
之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經(jīng)歷减拭，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）般此。 這里的二代測序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測序數(shù)據(jù)唠亚，因為葉綠體和線粒體是多拷貝的链方，...
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IQ-TREE最大似然法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的神器IQ-TREE：最大似然法構(gòu)建精確、快速灶搜、靈活祟蚀、廣泛的系統(tǒng)發(fā)育樹 IQ-TREE自2011年就已經(jīng)開發(fā)并開源，至今都有專業(yè)團隊維護割卖，其名字來源于IQPNNI和TREE-PUZ...
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fastq前酿、fasta、bed鹏溯、gtf罢维、gff、sam丙挽、bam生信分析常見文件格式查看生信分析過程中的文件格式：除了原始測序數(shù)據(jù)fastq肺孵、fasta之外攻人，還有基因組文件fasta格式，基因注釋文件gtf格式悬槽。在分析的過程中還會有眾多中間文件的生成怀吻，如bed、...
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高通量測序中初婆，read蓬坡、contig和Scaffold分別是什么
1.什么是Reads? 高通量測序平臺產(chǎn)生的序列就稱為reads。 2.什么是Contig磅叛？ 拼接軟件基于reads之間的overlap區(qū)屑咳，拼接獲得的序列稱為Contig（重...
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SPAdes 安裝與使用
1.SPAdes的使用目的 當前版本的SPAdes與Illumina或IonTorrent讀取一起使用敲董，并且能夠使用PacBio紫皇，Oxford Nanopore和Sanger...
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七. 植物葉綠體基因組--組裝，注釋和比較作圖（GetOrganelle腋寨，GeSeq聪铺，Chloroplot，IRscope）一. 簡介 葉綠體是綠色植物萄窜，藻類和藍細菌進行光合作用的場所铃剔，光合作用將水和二氧化碳轉(zhuǎn)變?yōu)橛袡C化合物并放出氧氣。葉綠體所攜帶遺傳物質(zhì)DNA查刻，以原核細胞的編碼方式轉(zhuǎn)錄合成一些自...
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總結(jié)各種生物科研工具使用經(jīng)驗
