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    Orthofinder2鑒定單拷貝基因并構(gòu)建進(jìn)化樹

    實(shí)驗(yàn)?zāi)康模罕容^基因組學(xué)禁熏,從基因組獲取單拷貝基因,并構(gòu)建有根的進(jìn)化樹更鲁,并估計(jì)分化時(shí)間搬素,最終畫出有分化時(shí)間的進(jìn)化樹實(shí)驗(yàn)流程:orthofinder2獲取單拷貝基因——muscle...

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    rgene_gamma計(jì)算2023-10-02

    rgene_gamma計(jì)算檩咱,準(zhǔn)備如下兩個(gè)文件揭措,以及ctl配置文件 樹文件:請(qǐng)注意,根節(jié)點(diǎn)需要一個(gè)簡(jiǎn)單的化石校準(zhǔn)刻蚯,比如“@4.5”(450Ma ago)绊含。如果沒有這個(gè)標(biāo)記計(jì)算出...

  • 如何安裝JCVI

    使用conda安裝 使用時(shí)需要啟動(dòng)環(huán)境 在此基礎(chǔ)上可以更新到最新版的JCVI (Github版本會(huì)不斷的增加新功能并修訂bug) 安裝額外的依賴環(huán)境 Kent tools B...

  • Linux-安裝stringr時(shí)報(bào)錯(cuò)(conda安裝寸五,已解決!)

    一耿币、mobaxterm鏡像選擇未彈出 二梳杏、安裝stringr包失敗 之前在本機(jī)的Rstudio安裝stringr的時(shí)候好像沒有出現(xiàn)什么問題今天試著在實(shí)驗(yàn)室的服務(wù)器上安裝str...

  • 你好,請(qǐng)問提取cds的時(shí)候報(bào)錯(cuò)淹接,這種情況怎么辦呢十性?
    No fasta index found for FF.fasta. Rebuilding, please wait..
    Fasta index rebuilt.
    生成的Epel.fasta.fai有什么用呢?之后cds要怎么提取嘞塑悼?謝謝

    gffread使用小妙招

    大家好劲适,今天給大家分享一個(gè)軟件(cufflinks)中的一個(gè)命令gffread,前一段時(shí)間需要提取生菜所有基因的CDS序列厢蒜,本來一開始準(zhǔn)備自己寫腳本霞势,后來發(fā)現(xiàn)gffread就...

  • 你好,請(qǐng)問提取cds的時(shí)候報(bào)錯(cuò)斑鸦,這種情況怎么辦呢愕贡?
    No fasta index found for FF.fasta. Rebuilding, please wait..
    Fasta index rebuilt.

    2022-11-22教你如何使用gffread軟件

    一、獲取軟件1巷屿、利用conda固以,簡(jiǎn)單快捷 2、下載安裝這里用到了gffread (https://github.com/gpertea/gffread[https://git...

  • 博主您好 運(yùn)行腳本一之后 報(bào)錯(cuò)如下 之后要怎么辦呢嘱巾?
    Can't locate Bio/Root/RootI.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .) at bp_genebank2gff3.pl line 203.
    BEGIN failed--compilation aborted at bp_genebank2gff3.pl line 203.

    【腳本搬運(yùn)工】convert gbff to gff/fasta

    寫在前面從NCBI下載的注釋文件通常是gbff格式的憨琳,而我們平時(shí)做上游分析用到的大多數(shù)為gff或gtf文件,那么這兩種格式之間怎么進(jìn)行轉(zhuǎn)換呢旬昭。一番搜索后得到如下perl腳本篙螟。...

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