Global characterization of T cells in non-small-cell
lung cancer by single-cell sequencing 張澤明老師的文章
復(fù)現(xiàn)一篇文章前言 此復(fù)現(xiàn)過程全程由kinesin老師指導(dǎo)氢惋，過程有點(diǎn)復(fù)雜，如發(fā)現(xiàn)問題坟桅，請及時簡書聯(lián)系我骑脱，我及時更改,主要復(fù)現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)化免疫細(xì)胞組成的生存分析。 下載數(shù)據(jù) 免疫分析 整理原文基因...
go kegg我用的差異基因 gsea gsva我用的所有基因排序
單細(xì)胞的GO KEGG GSEA GSVA分析今天抽個空把單細(xì)胞領(lǐng)域的GO KEGG GSEA GSVA都做了一遍，跑完以后的感覺就是有這樣的理解，就是單細(xì)胞我首先會選擇做GSVA摸吠，但是我還會順便做下kegg或者GSEA...
作者：biogevin審稿：童蒙編輯：amethyst 我們在前面已經(jīng)介紹過膀胱細(xì)胞的相關(guān)背景（認(rèn)識膀胱細(xì)胞——單細(xì)胞水平比較Human和Mouse的不同[http://mp...
@Seurat_ 需要的
單細(xì)胞scenic做轉(zhuǎn)錄因子scenic從接觸到現(xiàn)在有三個月了，從當(dāng)初的懵懂到后來的服務(wù)器店茶，感謝kinesin老師指導(dǎo)蜕便，但是總歸scenic跑崩潰了很久，可以把人心態(tài)搞崩潰贩幻，但我覺得兩個地方可以改進(jìn)，可...
@路麻麻_c96a 差異分析 logfc
第三步：簡單的GEO數(shù)據(jù)的KEGG分析和GSEA分析KEGG分析 按照count數(shù)目進(jìn)行KEGG count數(shù)目進(jìn)行kegg,并且可視化 GSEA分析 GSEA與KEGG不同的是两嘴，GSEA是所有基因的增減丛楚，而kegg是爭對 上...
膜拜 太強(qiáng)了harmony
用Harmony整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)并用LISI評估整合效果harmony是一個非常流行的整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)的算法，由于它的核心是用C++寫的所以相比其他的類似算法快很多憔辫，如果單細(xì)胞樣本量很大的時候推薦使用趣些。 首先加載其文章中用到的一個示...
@曉穎_9b6f 你需要么 可以私信我 我發(fā)給你 自己寫的
第三步：簡單的GEO數(shù)據(jù)的KEGG分析和GSEA分析KEGG分析 按照count數(shù)目進(jìn)行KEGG count數(shù)目進(jìn)行kegg,并且可視化 GSEA分析 GSEA與KEGG不同的是，GSEA是所有基因的增減贰您，而kegg是爭對 上...
