工作中需要使用多臺(tái)服務(wù)器拂共，每次都要修改bashrc文件，來(lái)配置服務(wù)器使其使用起來(lái)順手换团，配置文件如下
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：四川
-
Linux服務(wù)器.bashrc配置文件
-
單細(xì)胞分析---測(cè)序文庫(kù)拆分 (Demultiplexing)對(duì)于所有數(shù)據(jù)類(lèi)型庆冕，”文庫(kù)拆分”涉及從一端或雙端短序列中識(shí)別和移除細(xì)胞條形碼序列 (cell barcode)和UMI卜朗。如果提前知道加入的細(xì)胞條形碼遏乔，比如數(shù)據(jù)來(lái)自基于PCR板的...
-
samtools view -f 4
從bam文件中提取未比對(duì)上的reads——so easy!
前段時(shí)間送去測(cè)序的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)拿回來(lái)了匙握，然后做完比對(duì)之后發(fā)現(xiàn)unique_reads比對(duì)率不夠理想囚枪，確保分析數(shù)據(jù)過(guò)程中沒(méi)有出錯(cuò)的前提下派诬，個(gè)人認(rèn)為實(shí)驗(yàn)過(guò)程中可能有污染。所以需...
-
這個(gè)是GEO數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)對(duì)每個(gè)樣本的描述
Bioconductor分析芯片數(shù)據(jù)并提取差異表達(dá)基因
分析基因芯片的數(shù)據(jù)，提取出差異表達(dá)的基因這次試驗(yàn)的數(shù)據(jù)來(lái)源于文獻(xiàn)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE...
-
BSgenome 構(gòu)建自己的參考基因組1. 目的 ??最近在某個(gè)分析的時(shí)候括勺，需要BSgenome object缆八，然而我的物種不是常見(jiàn)的物種曲掰，是自己組裝出來(lái)的多倍體物種，因此沒(méi)法用已有的BSgenome參考基因組奈辰，...
-
一鍵完成單因素方差分析及可視化的R腳本腳本有五個(gè)參數(shù) -f:輸出的數(shù)據(jù)栏妖，第一列是樣本名，第二列是自變量也就是分組信息奖恰，第三列至以后就是因變量吊趾，就是分組效應(yīng) -d:因變量的列名 -i:自變量的列名 -t:選擇可視化...
-
堆疊柱狀圖各成分連線畫(huà)圖的R腳本18年1月29日宏基因組轉(zhuǎn)載了中科院生態(tài)中心鄧曄組的文章《土壤細(xì)菌定量方法結(jié)合相對(duì)豐度分析揭示種群的真實(shí)變化》[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz...
-
閑聊生物學(xué)重復(fù)
從涉足生命科學(xué)實(shí)驗(yàn)?zāi)且豢蹋蜁?huì)聽(tīng)到這樣一句話“生物學(xué)實(shí)驗(yàn)至少要三個(gè)生物學(xué)重復(fù)瑟啃，要嚴(yán)格設(shè)立對(duì)照實(shí)驗(yàn)”论泛。隨著時(shí)間的流逝，記憶變得模糊蛹屿，依稀記得“三個(gè)生物學(xué)重復(fù)”屁奏、“對(duì)照”。所以在...
-
數(shù)據(jù)在前面的文章應(yīng)該有
第二次RNA-seq實(shí)戰(zhàn)總結(jié)(3)-用DESeq2進(jìn)行基因表達(dá)差異分析
DESeq2是一個(gè)用于分析基因表達(dá)差異的R包错负，具體操作要在R語(yǔ)言中運(yùn)行1.R語(yǔ)言安裝DESeq2 2.載入基因表達(dá)量文件坟瓢，添加列名 3.數(shù)據(jù)整合 4.對(duì)基因進(jìn)行注釋-獲取ge...
-
TBtools基因家族分析詳細(xì)教程（1）寫(xiě)在前面：非常感謝CJ開(kāi)發(fā)出如此強(qiáng)大的TBtools工具，作者詳細(xì)講解了基因家族的分析過(guò)程和意義湿颅，課程購(gòu)買(mǎi)地址载绿，講的很棒，可以試聽(tīng)油航。 一共分為4個(gè)部分TBtools基因家族分...
-
將多個(gè)樣本的vcf文件轉(zhuǎn)化為Phylip輸入格式的python腳本在分析變異過(guò)濾得到SNP時(shí)崭庸，一般都會(huì)用PHYLIP構(gòu)建NJ進(jìn)化樹(shù) 但是phylip又不能直接把vcf文件作為輸入文件，它的輸入格式要求如下 第一行的兩個(gè)數(shù)字分別為樣本數(shù)和SN...
-
邱俊輝 ·還是能力的問(wèn)題谊囚，如果是替代性比較低的崗位怕享，顏值就在其次了，文員镰踏，尤其普通打雜的文員函筋，既然誰(shuí)做都一樣，顏值就變成一個(gè)重要的因素了
iceilend 評(píng)論自辦公室長(zhǎng)得最丑的女生奠伪，第一個(gè)被裁員 -
外顯子測(cè)序解析卵巢早衰的遺傳因素
卵巢早衰（Premature ovarian failure POF）通常是指女性40歲之前閉經(jīng)（原發(fā)性或繼發(fā)性）跌帐，約1%-4%的女性患有此病，癥狀表現(xiàn)為低雌激素癥狀（即潮熱...
-
改善mosdepth輸出結(jié)果的python腳本
mosdepth是一個(gè)用于計(jì)算測(cè)序深度的軟件使用方法可參考下面這篇文章http://www.reibang.com/p/6bd56cd8d59e[https://www.j...
-
分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)雜談01
說(shuō)明書(shū)背后的基本原理 對(duì)于初步接觸分子生物實(shí)驗(yàn)的同學(xué)绊率，給出幾點(diǎn)建議： 首先是跟著實(shí)驗(yàn)室的師兄師姐學(xué)習(xí)經(jīng)驗(yàn)谨敛，經(jīng)驗(yàn)往往是數(shù)次實(shí)驗(yàn)成功或失敗的經(jīng)驗(yàn)總結(jié)。 認(rèn)真研讀產(chǎn)品說(shuō)明書(shū)滤否，這是一...
-
全外顯子測(cè)序(wes)數(shù)據(jù)分析詳細(xì)流程(小樣本)
如果想看大樣本的數(shù)據(jù)處理分析流程請(qǐng)移步總目錄:三陰性乳腺癌全外顯子分析(wes)(大樣本727個(gè)) 分析流程目錄如下： 1 wes相關(guān)軟件下載與安裝并添加環(huán)境變量2 下載GA...
-
將Marker與多個(gè)物種blast結(jié)果輸出位CSV文件的python腳本
我們很多Markers通過(guò)本地blast比對(duì)到多個(gè)物種的基因組上脸狸，來(lái)確定marker在不同物種基因組上的位置，為了方便查看結(jié)果藐俺，因此我寫(xiě)了一個(gè)腳本炊甲，只需要輸入Markers文...
